حاتم الجهمى ومحمد نابليون وأحمد أبوالحجاج أمر مصطفى ياسين وكيل نيابة البدرشين بإخلاء سبيل سائق قطار البدرشين ومساعده، بعد سماع أقوالهم فى سرايا النيابة بضمان محل إقامتهما، فيما قررت النيابة، استدعاء سائقى قطار، 147 ومساعده، وقطار 990 اللذين كانا متجهين من القاهرة إلى الوجه القبلى، بجانب استعداء ناظر محطة البدرشين، كما قررت النيابة تشكيل لجنة هندسية من هيئة السكك الحديدية، لفحص القطارات الثلاثة لبيان الخسائر المادية وما إذا كان الحادث متعمدا من عدمه وتحديد المسئول عن الحادث.
وكشفت التحقيقات المبدئية بتورط سائق قطار البدرشين، ومساعده الذى كان قد تم نقله إلى المستشفى إثر اصابته بجروح فى الرأس والوجه بعد ان تعدى عليه ركاب القطار بالضرب، بتهمة عدم القيام بمهام وظيفتهما، واخطار برج المراقبة بقيام الركاب بقطع الطريق ووضع اخشاب وفلنكات على القضبان، حتى يتم اخطار القطار القادم على المحطة وإبلاغ المسئولين بالواقعة.
وأضافت التحقيقات أن السبب وراء انقلاب العربات الثلاث من القطار 990 المتجه إلى القاهرة، اصطدامه بأجسام صلبة وضعها ركاب قطار 162 على القضبان، وأكدت التحقيقات أن الحادث أسفر عن إصابة 16 راكبا بجروح سطحية وتم اسعافهم فى الحال، ما عدا جمال على عبدالله احد ركاب قطار 990 الذى نقل إلى مستشفى قصرالعينى نظرا لخطورة إصابته.
وأجرى مصطفى ياسين وكيل أول نيابة البدرشين، بإشراف المستشار مجاهد على مجاهد المحامى العام الأول لنيابات جنوبالجيزة المعاينة وتبين ان 3 عربات من قطار 990 انحرفت عن القضبان بعد ان اصطدم بالحواجز التى وضعها ركاب قطار 162 على القضبان مما أدى إلى الاصطدام بقطار 147 وخروجهما من القضبان، كما تبين من المعاينة تهشم جرار قطار 147 وتهشم جانبى قطار 990 ووجود كسر بفوانس القطار. واستمعت النيابة إلى 4 شهود عيان وقرروا أن القطار رقم 162 والقادم من الوجه القبلى تم تخزينه على المحطة، لمرور قطار 990 القادم من القاهرة ولكن الفترة امتدت لما يزيد على ساعة كاملة، فاحتج الركاب على تأخر تحركه ونزلوا منه ووضعوا حواجز حديد وخشبية.
وقال شهود العيان إنه فى هذه الأثناء كان القطار رقم 990 قادما من القاهرة، وعلى حد علمهم، ان القطار غير مسموح له بالوقوف فى المحطة، وميعاد مروره على المحطة فى الخامسة عصرا تقريبا، وعندما وصل اصطدم بالحواجز الحديدية والخشبية وانحرف عن القضبان واصطدم بالقطار 147 وادى إلى خروجهما من القضبان.
وقال عامل ببرج المراقبة بمحطة البدرشين فى التحقيقات، إنه تلقى إشارة بتخزين القطار رقم 162 المتجه من القاهرة إلى سوهاج لمرور قطار 990 وبالفعل تم تخزين القطار على سكة النفادى، وبمرور القطار 990 على المحطة، ووقوف القطار الثالث 147 القادم من الفيوم إلى الجيزة على المحطة وقع الاصطدام، لكنه لم يتلق اشارة بوضع ركاب قطار 162 حواجز خراسانية وخشبية على القضبان.
وأكد السائق فى أقواله انه بمجرد مغادرته لمحطة الحوامدية استقبل اشارة تفيد ضرورة توقفه للتخزين وبمجرد توقفه تنفيذا للإشارة اعترض الركاب وتظاهروا بداعى تعطيل مصالحهم وقاموا بوضع القوالب الحجرية والقطع الحديدة على شريط القطار فى محاولة منهم للتعبير عن غضبهم، مشيرا إلى أن القطار المنكوب رقم 147 كان قادما إلى مكان تخزينهم أثناء تظاهر الركاب وفى الوقت نفسه وصل القطار رقم 990 وبمجرد انحراف القطار الأول عن الرصيف اصطدموا بالأخير مما ادى إلى انقلاب ثلاث عربات منه.
من ناحية أخرى، قضت محكمة جنايات الأقصر بالحبس لمدة سنة مع إيقاف التنفيذ لخمسة من أصحاب المطاعم بمدينة إسنا جنوبالأقصر لقيامهم بقيادة متظاهرين قطعوا شريط السكك الحديدية، وأوقفوا حركة القطارات بين الأقصر وأسوان بسبب أزمة البوتاجاز.