نفى الدكتور زاهي حواس أمين عام المجلس الأعلى للآثار ما نشرته جريدة الوفد في عددها الأربعاء 8 /4 / 2009 بشأن وجود أزمة مع فاروق حسني وزير الثقافة . وقال حواس إن ما ذكرته الوفد بشأن دعم الولاياتالمتحدة للمرشح المصري لمنصب مدير عام منظمة اليونسكو في حالة اختيار حواس وليس فاروق حسني وهو محض خيال وإشاعات لا صحة لها، وأضاف حواس إنه كمواطن مصري يدعم ترشيح القيادة السياسية لفاروق حسنى لمنظمة اليونسكو وأنه يقوم بالمشاركة في الحملة الدولية الرامية للتصويت من أجله مشيراً إلي أنه يجري مجموعة من الاتصالات مع عدد من الدول وكبار الشخصيات العالمية لتأييد الفنان فاروق حسني من خلال علاقاته الخارجية. وفيما يتعلق بأزمة إجراء قرعة مونديال الشباب بمعبد الأقصر أوضح د. زاهي حواس أنه لا يوجد أن وزير الثقافة وافق على إقامة الاحتفال وأن المجلس الأعلى للآثار اشترط مجموعة من الإجراءات لضمان الحفاظ على المعبد خاصة وأنها المرة الأولى التي تقام إحدى الاحتفالات بقاعة أعمدة الملك أمنحتب الثالث بما تضمه من نقوش نادرة وأشار إلي رفض المجلس إطلاق أية ألعاب نارية سواء داخل المعبد أو خارجه، بلإضافة إلي رفض دخول السيارات إلي ساحة المعبد.