تم افتتاح المرحلة الأولى بمدارس النيل المصرية بقنا والمقامة على مساحة 20ألف متر و التي تم بنائها على مراحل والمجهزة بكل ما يلزم من بنية تكنولوجية وفصول مكيفة وملاعب ومساحات خضراء وذلك ضمن المشروع المقدم من صندوق تطوير التعليم التابع لرئاسة مجلس الوزراء وتبدأ الدراسة بها بمرحلة رياض الأطفال والصف الأول الابتدائي . واشار محافظ قنا الى ان سنوات الدراسة قد تحددت ب 14 سنة ليحصل الطالب على شهادتين الأولى عند إتمام دراسته بنجاح فى الصف العاشر وهذه الشهادة تؤهله تأهيلا علميا وعمليا للالتحاق بسوق العمل أما الشهادة الثانية وهى الشهادة المصرية الدولية للتعليم قبل الجامعى تؤهله للالتحاق بالجامعات فى مصر والخارج وللحصول على هذه الشهادة يجب أن ينهى الطالب بنجاح دراسة عدد 8 مقررات دراسية يكون من ضمنها المواد المؤهلة للالتحاق بالكلية التى يرغبها . وأكد محافظ قنا على أن أغلب هيئة التدريس والقائمين على الإدارة و العملية التعليمية بالمدرسة من أبناء المحافظة وذلك بعد اجتيازهم فترة إعداد وتأهيل شاركت بها جامعة "كامبريدج" البريطانية حيث تم التعاقد بين ادارة مشروع المدارس والجامعة فى 15 ابريل 2009 بحيث تشارك فى وضع المناهج وتقييم الطلاب والتى تهدف إلى مواكبة المعايير العالمية فى هذا المجال وتبتعد عن الحفظ والتلقين المباشر و تعتمد على الفهم والوعى وتنمية المهارات و تعد بمثابة نواة لتخريج جيل لقيادات المستقبل بنظام جديد يعتمد على تطوير المنظومة التعليمية بأكملها الطالب و المعلم والإدارة المدرسية و نظام تقويم و منشأة مدرسية حيث تعتمد طرق التدريس على تقديم نظام تعليمى ثنائى اللغة مع وجود دمج بين المناهج والتقويم ونظم المعلومات التكنولوجية فى اطار تقديم عملية تعليمية متكاملة . وصرح الدكتور شريف منصور المدير التنفيذى لمشروع تطوير التعليم أن هذه المدارس ستطبق " النظام المعجل" الذى يتيح للطالب الدخول الى الصف السادس الإبتدائى مباشرة بعد إجتياز اختبارات تقييم خاصة تتعلق بمدى معرفته عن اللغة الأجنبية الثانية كما اضاف منصور أن الطالب يمكنه التوقف عند الصف الثانى عشر بعد حصوله على شهادة تمكنه من الإلتحاق بها فى أي جامعة بالعالم او العمل بها اذا كان لا يستطيع استكمال تعليمه . كما قرر محافظ قنا تخصيص قطعة أرض لإنشاء مساكن داخلية للطلبة المغتربين من كافة مراكز ومدن وقري المحافظة وكذلك توصيل كافة المرافق من كهرباء ومياه شرب وصرف صحى مؤكدا على حرص المحافظة المستمر بتوفير كافة السبل والوسائل التي تساعد على تحقيق النجاح المنشود فى تحقيق تطوير حقيقي ونقلة كبيرة في نظام التعليم بالمحافظة .
