نظرا لما لوحظ من تجاهل مرحلة مهمة فى تاريخ مصر وهو العصر القبطى الذى يمتد من القرن الاول الميلادى حتى القرن الثامن الميلادى وجرى إطلاق اسماء الدول الاستعمارية على الفترة المذكورة مثل العصر البطلمى والعصر الرومانى دون الإشارة للأقباط صانع هذه الحضارة من لغة قبطية (وهى الصورة الأخيرة للغة المصرية) وفن قبطى وأدب قبطى. كما تم تجاهل دور الكنيسة القبطية الوطنى فى مقاومة الغزو الفكرى والثقافى والعقيدى كما تم نسيان النشاط القبطى بتقديم الرهبنة لمصر والعالم حيث إن آباء الأقباط من الأنبا بولا أول السواح والأنبا أنطويوس أبوالرهبان هم الذين أوجدوا هذا النظام الدينى والاجتماعى للعالم كله. فقد كانت اللغة القبطية هى المرحلة الاخيرة للغة المصرية من مراحل تطور اللغة المصرية وكانت عدة لهجات، وقد كانت لمنطقة أسيوط لهجة قبطية خاصة تسمى اللهجة الأسيوطية وكانت تستعمل فى منطقة جغرافية محددة من البهنسا إلى أسيوط، وتم اكتشاف عدة برديات لنصوص مسيحية باللهجة الأخميمية ترجع للقرن الثالث الميلادى، وقد ظل أقباط أسيوط يتمسكون بلغتهم القبطية حتى عهد قريب فقد ذكر المؤرخ المقريزى فى القرن15م، عند كلامه عن دير موشه بأسيوط حيث ذكر أن الأغلب من نصارى هذه الأديرة تعرف القبطى الصعيدى، كما ذكر نفس الكلام الرحالة فانسليب فى كتابه رحلته إلى مصر فى سنة 1672، أنه وجد عند زيارته لأسيوط من يتكلم بلغته الأصلية. وقد انتشر فى أسيوط منذ القرن 3م الكثير من الفلسفات والمذاهب الفلسفية والدينية ، ويعتبر أفلوطين الأسيوطى (القرن 3م) الذى تنسب له أحيانا الأفلوطونية الحديثة من أشهر الشخصيات التى أنجبتها أسيوط فى القرن ال3م، ويعرف لدى المؤرخين الغربيين باسم أفلوطين الليكوبولى نسبة الى بلدة مدينة ليكوبوليس (أو مدينة الذئب) التى هى أسيوط الحالية، وقد انتشرت الرهبنة فى أسيوط نظرا لقرب أسيوط من الصحراء الغربية بالإضافة لوجود كثير من المقابر الاثرية المنحوتة فى الصخور ،وقد ساعد على انتشار الرهبنة بأسيوط مجموعة من رهبان القديس باخوم أب حياة الشركة فى الرهبنة، ومنها القديس يوحنا الليكوبولى المولود فى أسيوط 305م. حيث أسس رهبنة كبيرة انتشرت إلى كل جبال أسيوط المجاور، كما أسس الرهبنة فى دير العذراء بجبل أسيوط، كما يوجد فى أسيوط عدد كبير من الأديرة التى تأسست فى العصر القبطى مثل الدير الأشهر الذى زارته العائلة المقدسة أثناء هروبها فى مصر وهو دير المحرق والذى يوجد به المغارة التى سكنت فيه العائلة المقدسة ما يزيد على 6 أشهر ودير مارمينا المعلق ودير العباد فى بلدة الزاوية الشهير بدير القديس أثناسيوس ودير القديس أبوللو فى منطقة باويط ودير العذراء بجبل الجنادلة ودير ريفا الذى خرب بعد القرن 15م. كما خرج من أسيوط شخصيات كنسية شهيرة منها الأسقف المنشق على البابا الارثوذكسى ميلاتيوس ،وهو من أساقفة القرن الرابع الميلادى والأنبا قسطنطين أسقف أسيوط والقوصية وقسقام (القرن ال6م) كاتب سير شهداء الأقباط.
