قال الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر إنَّ مفهوم الحاكمية هو أحد الأصول الموجودة عند الخوارج الذين خرجوا على سيِّدنا عليٍّ بعد قبوله التحكيم فى موقعة صفين، وقالوا: الحكم لله، وكفروا عليًّا ومعاوية، مستندين إلى قوله تعالى: «إن الحكم إلا لله» أى ما الحكم إلا لله، وأعلنوا تمردهم على المفهوم الصحيح للإمامة أو على الحديث الشريف: «الأئمة من قريش»، وقالوا: كل إمام عادل من حقه أن يقود هذه الأمة فإذا جار أو حاد عن العدل جاز قتله أو جاز عزله، وهم بذلك قد أعطوا أولوية للقتل. وأضاف: إن الخوارج لما انفصلوا فى جماعة كبيرة من جيش سيدنا عليٍّ تقدر باثنى عشر ألفًا، فأرسل إليهم سيدنا عبد الله بن عباس لمناظرتهم، وقال لهم: أخبرونى لماذا نقمتم على أصحاب رسول الله وابن عمه؟ فقالوا: إنه حكَّم الرجال فى أمر الله فكفر، وقال الله تعالى: (إِنِ الْحُكْمُ إِلاَّ لِلَّهِ) ، ما شأن الرجال والحكم؟ ، وتأولوا الآية تأويلا فاسداً للوصول إلى المغزى السياسى العسكرى الذى كان يداعب أخيلتهم، وبناء على هذا التأويل راحوا يقتلون المسلمين ويتبرءون من عثمان وعلى وأوجبوا قتل الحاكم الجائر وكل من لا يتبرأ منهما. وأوضح الطيب أن الخوارج لم يظهروا بمظهر الكفار وحيروا سيدنا عليا حتى شك فى بادئ الأمر أنهم منافقون، وأرسل إليهم عبدالله بن عباس، سأله هل هؤلاء القوم منافقون؟ فقال: «لا، ليست سيماهم كالمنافقين»، وإن بين أعينهم لأثر السجود لكنهم يتأولون القرآن ويفسرونه تفسيرا منحرفا.