يعد متحف «المخطوطات» بمكتبة الإسكندرية أحد أبرز المتاحف نظرًا لإحتوائه على العديد من أندر الكتب والمخطوطات فى العالم، كما يضم بين جدرانه جزءًا من كسوة الكعبة المشرفة والتى أهدتها للمتحف أسرة طلعت باشا حرب. وأكد مدير المتحف أن رؤية المتحف تتلخص فى تركيز جميع الجهود والموارد البشرية والمادية لخدمة الزائرين والباحثين وذلك للتعريف بالذخائر التراثية ونوادر المخطوطات والكتب والعمل على حفظها ورعايتها بشكل علمى سليم، كما يهدف إلى التعاون والتبادل العلمى فى مجال المخطوطات مع المتاحف المناظرة فى دول العالم. ويهتم المسئولون عن المتحف بتطوير وتدريب الكوادر البشرية فى مجال الحفظ المتحفى وترميم المخطوطات، كما يعمل المتحف على توفير أكبر عدد ممكن من المخطوطات المصورة من جميع أنحاء العالم وإتاحتها للباحثين بشكل مناسب. وينقسم متحف المخطوطات بمكتبة الإسكندرية إلى العديد من الأقسام. قسم الترميم: ويعمل القسم على حفظ التراث بواسطة مجموعة من المختصين فى أعمال الترميم وقد قام المعمل ببعض أعمال الترميم لمجموعة من المؤسسات منها مجموعة الكتب النادرة والمخطوطات لدار الآثار الإسلامية بالكويت، وتحديث مكتبة المخطوطات بالأزهر الشريف. قسم الكيمياء والضبط البينى: ويحتوى القسم على وحدة معالجة كيميائية ووحدة ترميم آلى ويقوم القسم بعمل المعالجة الكيميائية والميكرويولوجية الخاصة بالكتب النادرة والمخطوطات ومتابعة ظروف حفظها. قسم الإرشاد المتحفى: ويعمل على تقديم جوالات إرشادية بقاعة عرض المخطوطات والكتب النادرة. قسم الكتب النادرة والمقتنيات: ويضم القسم ما يقرب من 16 ألف كتاب نادر يرجع تاريخ أقدمها إلى عام 1482 ميلادية وعددًا كبيرًا من الخرائط النادرة. قسم التبادل والأرشيف: وأنشئ ذلك القسم لإثراء المحتوى الرقمى من والمخطوطات والقيام بعمليات تبادل ونسخ والمخطوطات مع الجهات الأخرى المعنية بهذا الشأن. وأقام المتحف العديد من المشروعات منها«الأرشيف الرقمى للمخطوطات ومشروع جمع المائة ألف مخطوط بدأ التعاون الرسمى بين بطريركية الروم الأرثوذكس بالإسكندرية وإدارة متحف المخطوطات بمكتبة الإسكندرية فى 11 أكتوبر 2010 بزيارة وفد من خبراء المكتبة لفحص الحالة العامة للذخائر المحفوظة بمكتبة البطريركية وأكد بطريرك الإسكندرية للروم الأرثوذكس عن رغبته فى ترميم ورقمنة حوالى 3000 كتاب نادر من العصر الأول للطباعة و539 مخطوطًا بينها مخطوطات على ورق نادر وقام معمل الترميم ومعمل الكيمياء بترميم ورقمنة 3 مخطوطات على سبيل بادرة تعاون وحازت النتيجة إعجاب واستحسان اللجنة البطريركية المتخصصة فى المعاينة والتقييم وتم توقيع اتفاقية التعاون فى 4 أكتوبر 2012 لتشمل ترميم ورقمنة عدد صفحات يبلغ مبدئيًا 24868 صفحة نوادر المخطوطات والكتب النادرة تحتوى قاعة العرض المتحفى على مجموعة نادرة من المخطوطات والكتب النادرة من أهمها تفسير القرآن للبستى والمدونة فى فقه المالكية ومسالك الأبصار فى ممالك الأمصار والكواكب الدرية فى مدح خير البرية.
