حالات من التمرد والعصيان تجتاح الجماعة الإسلامية منذ مذبحة فض اعتصامي رابعة العدوية والنهضة، طالت قياداتها وقواعدها، آخرها دعوة الشيخ بدري مخلوف، مؤسس الجماعة في قنا والأقصر، بالانسحاب من التحالف الوطني لدعم الشرعية ورفض الانقلاب دون الرجوع للجمعية العمومية لاتخاذ قرار في هذا الشأن. أبرز تلك الانشقاقات، هو هشام النجار المتحدث السابق باسم حزب البناء والتنمية الذراع السياسي للجماعة، الذي أعلن قبوله بالانقلاب العسكري على الرئيس المنتخب محمد مرسي، مقابل بعض الامتيازات للجماعة الإسلامية، الأمر الذي رفضه مجلس شورى الجماعة في أغسطس من عام 2013. وارتكزت أسباب الانشقاقات عن الجماعة الإسلامية، في الرغبة على الانسحاب من تحالف دعم الشرعية، وعدم صدور قرار من الجمعية العمومية ومجلس شورى الجماعة بالخروج من التحالف، وعدم الاعتراف بالنظام الحالي وقبول المصالحة، وعدم تمكين الشباب بالمناصب القيادية، حسبما قال المنشقون. وتبلورت الانشقاقات في كيان "تمرد الجماعة الإسلامية" دشنه عدد من مؤسسي الجماعة الإسلامية بمحافظة دمياط، في الربع الأخير من عام 2013، زادت على إثره استقالات لقيادات تاريخية للجماعة، أبرزها الشيخ فؤاد الدواليبي، ثم دشنوا جبهة جديدة باسم "إصلاح الجماعة"، متخذة من الشيخ كرم زهدي، القيادي بالجماعة، قائدًا لها. قبلت تلك الكيانات الوليدة من رحم الجماعة، بيانا شديد اللهجة من فرعها بالمنيا، يؤكد فيه أن الجمعية العمومية للجماعة هي التي تحدد بالأغلبية مسار الجماعة، وأن فؤاد الدواليبي، أحد أعضاء الجماعة بالمنيا الذي تحدث عن وجود انشقاقات لم ينشط في الجماعة الإسلامية بعد ثورة 25 يناير، ولم يشترك في أي أنشطة لها. ومؤخرًا حدث عصيان داخل الجماعة في الصعيد يترأسه بدري مخلوف، مؤسس الجماعة بقنا والأقصر، بعد إعلانه الانسحاب من تحالف دعم الشرعية، وفور انسحابه شهدت الجماعة جدلًا واسعًا بين قياداتها. وأكد أكبر قيادات الجماعة، الدكتور طارق الزمر رئيس حزب البناء والتنمية، عدم وجود أي انشقاقات داخل الجماعة. وقال الزمر، لشبكة "رصد" الإخبارية، إن الشيخ بدري مخلوف لم ينشق عن الجماعة الإسلامية، وإن ما أعلن عنه هو رأيه الشخصي بخصوص الاستمرار في تحالف دعم الشرعية من عدمه. وأشار الزمر إلى أن الجمعية العمومية للجماعة الإسلامية هي التي سيتخذ القرار العام في النهاية بشأن الاستمرار في تحالف دعم الشرعية أم لا. من جانبه، قال عبد الرحمن صقر، أحد شباب الجماعة المنشقين، إن الانشقاقات الأخيرة من الجماعة الإسلامية والتحالف الوطني هي نتائج متوقعة وبديهية، مشيرًا إلى أن الأمر أصبح الآن صراعا في الهروب من السفينة الغارقة والبعد عن تحمل المسؤولية وعدم المحاسبة لهم عن الفشل الموجود الآن من الحركة الإسلامية. وأضاف صقر، لشبكة "رصد" الإخبارية، أن كبار السن في الحركة الإسلامية هم سبب رئيسي في ضياع الحركة وانهيار العمل الدعوي والفشل السياسي، والآن ليس لدى الحركة سوى القيادات والشو الإعلامي، أما الشباب الآن لا يثق في أحد من القيادات الموجودة على الساحة، مما دفع بعض القيادات للانشقاق بهدف احتواء الشباب والبعد عن المحاسبة والمسؤولية.
