محمد الظواهري سلمت هيئة محكمة جنايات القاهرة برئاسة المستشار " محمد شيرين فهمي " التي تنظر القضية المعروفة إعلامياً ب " خلية الظواهري " مذكرة وصفتها المحكمة ب " الملزمة القانونية " مكونة من تسعة أوراق اعدها المتهم الرئيسي في القضية " محمد الظواهري " لهيئة الدفاع عنه بعد ان لمحته ملوحا بها من داخل القفص الزجاجي بقاعة المحكمة بمعهد امناء الشرطة بطرة .
وكشفت تحقيقات النيابة العامة أن المتهمين وعددهم 68 متهماً على رأسهم محمد الظواهري شقيق زعيم القاعدة ايمن الظواهري , من العناصر الإرهابية شديدة الخطورة قاموا بإنشاء وإدارة تنظيم إرهابي يهدف إلى تكفير سلطات الدولة ومواجهتها باستخدام السلاح، لتغيير نظام الحكم بالقوة، والاعتداء على ضباط وأفراد ومنشآت القوات المسلحة والشرطة، واستهداف الأقباط ودور عبادتهم واستحلال أموالهم، وارتكاب أعمال إرهابية بهدف نشر الفوضى في البلاد وتعريض أمن المجتمع للخطر.