بين الحين والآخر يخرج علينا من يشكك فى الأزهر وشيخه الطيب، ويثير القلاقل بتوجيه اتهامات باطلة إلى هذا الصرح الإسلامى الكبير فقد بدأها إسلام البحيرى عندما خرج علينا يشكك فى المناهج التى تدرس بالأزهر الشريف وكتاب البخارى ومسلم والمرجعيات الأزهرية وأخيرا ظهر سيد القمنى يشكك فى الأزهر وأنه لن يجدد الخطاب الدينى، لأنه يساعد على الإرهاب على حد زعمه بل وطالب بإدراج الأزهر كمنظمة إرهابية، هذه التصريحات آثارت جدلا واسعا فى الشارع المصرى وبين علماء الأزهر.. وخرجت الدعاوى القضائية التى طالبت بمحاكمة القمنى حيث تقدم طارق محمود المحامى ببلاغ رقم 30 لسنة 2016 إلى المحامى العام الأول لنيابات استئناف الإسكندرية ضد القمنى يتهمه فيه بإهانة الأزهر الشريف من خلال اتهامه له بتورطه فى دعم الإرهاب وإعلانه مطالبة الأممالمتحدة بإدراج الأزهر كمؤسسة إرهابية. "أكتوبر رصدت رأى علماء الأزهر فى تصريحات القمنى وردهم عليها فى السطور التالية أكتوبر رصدت رأى علماء الأزهر من تصريحات القمنى وردهم عليها فى السطور التالية: فى البداية أكد الدكتور محمود مهنى الأستاذ بجامعة الأزهر وعضو مجمع البحوث الإسلامية أن تصريحات سيد القمنى تؤكد أنه يعمل لصالح أجندات غربية كل هدفها وسعيها لتدمير الأزهر والنيل من المقدسات الدينية. وطالب مهنى الأزهر الشريف والدكتور أحمد الطيب بوقف تلك المهازل التى تحاول أن تثير كراهية المجتمع والمواطنين ضد هذه المؤسسة التى تعمل على خدمة الدين والتشكيك فيه، مشددا على أن ما صدر عن القمنى بمثابة سب وقذف وتحريض على إثارة الكراهية ضد الأزهر ومشايخه لذا يجب رفع دعوى لمقاضاة القمنى فهناك مقولة تقول "من أمن العقاب أساء الأدب". وأوضح أن الأزهر يقوم منذ 1100 عام على الوسطية وصحيح الإسلام، كما أنه له دور وطنى يقوم به، فقد تصدى للحملة الفرنسية والاحتلال الإنجليزى وعمليات التغريب والاستشراق ويعمل دائما لصالح الوحدة الوطنية والتنوع الفكرى، فالأزهر مؤسسة وطنية من طراز فريد.. "أفبعد كل هذا يُتهم الأزهر بالإرهاب" فمثل هذه التصريحات غير المسئولة هدفها إشاعة الفتن وإثارة المتاعب والقلاقل فى الوطن. ودافع عن الأزهر قائلا: إن هناك آلاف يخرجون من عباءة الأزهر يحملون مصابيح العلم لأسيا وأفريقيا فلا تخلو قارة من علماء الأزهر، فتصريحات القمنى مرفوضه شكلا وموضوعا، كما أنها صادمة ليس للأزهر فحسب بل لمصر كلها. فى حين قال الدكتور عبد المنعم فؤاد عميد كلية العلوم الإسلامية للوافدين بالأزهر، إن الأزهر لا يهتم بمثل هؤلاء الأشخاص أصحاب الرؤى غير القائمة على دليل أو أسس علمية، بل يؤمن بحرية الرأى والحوار الجاد ليس بالكلام الهزل الضعيف. وأوضح أن الأزهر لم ولن يحرك أى دعاوى قضائية ضد القمنى، مضيفا أن مؤسسة الأزهر لم ترفع دعوى قضائية ضد شخص إسلام البحيرى، بل قامت برفع الدعوى ضد القناة لوقف البرنامج وهناك فارق كبير بين الأمرين، فالأزهر لا يحارب أشخاصا بل على العكس فتح بابه للحوار مع البحيرى وأجرى معه مناظرة، ونفس الأمر يمكن أن نفعله مع القمنى. ولفت الأستاذ بجامعة الأزهر إلى أن القمنى وأمثاله يحاولون سحب البساط من الأزهر والظهور فى المشهد فنجده يتحدث عن أن الرئيس السيسى أخطأ عندما أوكل مهمة تجديد الخطاب الدينى إلى المؤسسات الدينية وعلى رأسها الأزهر.. متسائلا: هل البديل القمنى وإسلام البحيرى؟" مشددا على أن حديث القمنى بالتحريك لرفع دعوى قضائية ضد الأزهر بالأممالمتحدة لا يقلق المشيخة بل يبرهن على الخيانة والعمالة.. غير أن كلامه حول تحركه قضائيا خارج البلاد يحمل رسالة بعدم الثقة فى القضاء المصرى أما الأزهر ينظر إلى التحركات وتلك الدعاوى بأنها والعدم سواء. وطالبت الدكتورة آمنة نصير الباحثين أن يكونوا موضوعيين فى تعاملهم مع الأمور العقائدية نظرا لخطورتها على حياة المجتمع والناس. وأن يبتعدوا عن روح الكراهية التى تظهر بشكل واضح فى حديث الدكتور سيد القمنى، فالأزهر تاريخ عريق وهذه حقيقة وليس بوسع أحد إنكارها. ونصحت القمنى بأن يفيق وينظر إلى المستقبل بشكل جاد يعتمد على التاريخ، وأن يدرك دوره الحقيقى فى تلك المرحلة الخطيرة، وأن يعمل على تقديم عظمة الإسلام بشكله الوسطى المعتدل المستنير. ورفضت الدكتورة آمنة الأصوات التى تنادى بمقاضاة القمنى قائلة: إن الأمر ليس قضائيا بقدر ما هو عقائدى، ولا يمكننا الانتصار علىالأفكار بالحبس بل بالحوار والنقاش.