أثار قرار فضيلة الإمام الأكبر د.أحمد الطيب شيخ الأزهر الخاص بوضع ضوابط جديدة للمعاهد الأزهرية العديد من المشاكل لدى أصحاب هذه المعاهد فالبعض لديه تصاريح صدرت فى عهد فضيلة الإمام الراحل د. محمد سيد طنطاوى والبعض الآخر بدأ فعليَّا فى بناء معاهد جديدة وفقاً للضوابط القديمة. قرار شيخ الأزهر جاء ليحدد بعض الضوابط والمواصفات والاشتراطات للمعاهدة الأزهرية بمختلف مراحلها خاصة فيما يتعلق بتعديل مساحات المعاهد الابتدائية والإعدادية لتصبح 1500 متر مربع بدلاً من 1200، أما المعاهدة الثانوية فعدلت مساحتها لتصبح 1750 متراً مربعاً. كما جاءت الاشتراطات لتحدد مسطح الموقع وفقاً لاحتياجات كل مرحلة تعليمية من المبانى والملاعب والمناطق الخضراء وركزت على ضرورة وجود إضاءة وتهوية مناسبة بها بالإضافة إلى مساحة الفصل الواحد بالمعاهد وتوفير شروط الأمان ضد الحرائق والتلوث البيئى والضوضاء. من جانبه أكد المهندس نبيل محمود مدير عام الأبنية التعليمية بالازهر انه لا يوجد أى ضرر يقع على أصحاب التصاريح السابقة فى عهد الإمام الراحل مشيراً إلى أن الحاصلين على تراخيص العمل والبناء منذ خمس سنوات ولم ينجزوا شيئاً عليهم استخراج تصاريح بناء جديدة وفقاً لضوابط وشروط قرار شيخ الأزهر الحالى رقم (535) لسنة 2010. وأوضح المهندس نبيل أن من قام بالبناء وانتهى فعليه الحصول على طلب ضم المعهد إلى الأزهر شريطة أن يكون موافقاً للقرار الجديد. من ناحية أخرى أكد رمضان إسماعيل من بنى سويف ويرغب فى بناء معهد أزهرى أنه تقدم بطلب لفضيلة الإمام الراحل د.محمد سيد طنطاوى للموافقة على تخصيص قطعة أرض للمعهد، مشيراً إلى أن فضيلته رحمة الله عليه وافق بالفعل فى نوفمبر 2009 كما حصل على موافقة وزارة الزراعة لأن الأرض كانت خارج كاردون المبانى. وتابع إسماعيل لقد فوجئت بعد الانتهاء من الرسومات والتصميمات الهندسية برفض الأزهر لها بسبب القرار الجديد وتعديل الضوابط والاشتراطات الخاصة بالمعاهد الأزهرية مضيفاً ان المشروع توقف ولا يعرف كيف يتصرف خاصة بعد قيام الأزهر بعمل عقد يفيد نقل ملكية الارض من المتبرع للأزهر.