الأنبا ارميا سكرتير قداسة البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية يرد علي ما ورد في التقرير قائلا: إنه لا يعلم لماذا تحاول أمريكا أن تتدخل في أمور مصر الداخلية من خلال إعدادها لتقارير حول الأوضاع الدينية، رغم أن أمورنا الداخلية، هي خاصة بنا ونحن نرفض أن يتدخل أحد من الخارج لحلها، لأن ذلك سيؤدي لإشعال الموقف، ردا علي الانتقادات التي وجهها التقرير للكنيسة القبطية، قال الأنبا ارميا إنها أمور خاصة بالكنيسة ولا يستطيع أحد أن يتدخل لتغييرها، لأن هذه القرارات نابعة من صميم الديانة المسيحية، خاصة في قضية طائفة شهود يهوه التي لا تمت للمسيحية بصلة، لأنها تؤمن بمعتقدات غير مسيحية مثل اعتقادهم بأن الملاك ميخائيل هو المسيح، وهو اعتقاد خاطئ لأن ميخائيل هو ملاك، وبالتالي فهم خارجون عن المعتقدات المسيحية.ويضيف الأنبا ارميا كيف تتحدث أمريكا وتحاول إجبارنا علي الاعتراف بشهود يهوه، رغم أنهم دخلاء علي المسيحية، ويضيف ارميا أنه فيما يتعلق بالانتقاد الآخر الموجه للكنيسة والخاص بمنع قداسة البابا للأقباط من زيارة القدس، فهذا مبدأ اتفق عليه جميع أقباط مصر، وهو أننا لن ندخل القدس إلا وأيدينا في أيدي أخواتنا المسلمين، ويد قداسة البابا في يد فضيلة الإمام شيخ الأزهر، فنحن في مصر نعيش حالة واحدة ونتمسك بعروبة القدسالمحتلة الآن من قبل إسرائيل ولن نقبل أن يكون الأقباط هم السهم الذي يوجه لإخواننا المسلمين من جانب المحتلين، ولن يخضع الأقباط لأي ضغوط لإثناء الكنيسة عن القرار الذي اتخذه قداسة البابا منذ عام 1979، مشيرا إلي أنه لا يخفي علي أحد الأغراض التي تهدف إليها أمريكا من وراء إثارتها لتلك القضايا، خاصة شهود يهوه، الذين لا يتمتعون بأي وجود في مصر، بل إنهم منتشرون في أمريكا، ولكن رغم وذلك ستظل الكنيسة محافظة علي فكرها الشرقي المحافظ، وتنبه أبناءها لعقائدهم السليمة.