أعتبر القيادي الجهادي السابق نبيل نعيم أن حادث الاعتداء المسلح على «أقباط» أمام كنيسة السيدة العذراء بالوراق والذي أسفر عن مقتل 4 وإصابة 17 آخرين، يأتي في إطار توصية المؤتمر الدولي لجماعة «الإخوان» بمدينة لاهور في باكستان، قبل نحو أسبوعين، والذي كان الهدف منه وضع خطة لاستهداف المنشآت والشخصيات العسكرية، وإرباك الشارع المصري، والإضرار بالاقتصاد المصري قدر الإمكان، وإنشاء ما يسمى «الجيش الحر» في مصر، على غرار سوريا، وإنشاء صندوق لدعم هذه الأفعال وإثارة الفتنة الطائفية، وتقديم الحكومة الفريق أول عبد الفتاح السيسي، وزير الدفاع والإنتاج الحربي، للمحكمة الجنائية الدولية، وتكليف مكتب محام دولي لرفع قضية ضد من يسمونه «الانقلابيين». واتهم نعيم في حوار نشرته صحيفة الشرق الأوسط جماعة الإخوان المسلمين بارتكاب العمليات الإرهابية في سيناء، مستشهداً بقول القيادي بالجماعة محمد البلتاجي في اعتصام رابعة العدوية بأن تلك العمليات التي ترتكب ضد قوات الجيش والشرطة ستتوقف في غضون ساعتين من عودة الرئيس المعزول محمد مرسي إلى سدة الحكم. وتوقع القيادي الجهادي السابق وقوع مزيد من العمليات الإرهابية في مصر ضد الجيش والشرطة والأقباط، وذلك لضخ أموال كثيرة للإخوان من الخارج لمساعداتها في ارتكاب مثل هذه الجرائم وكشف نعيم عن وجود ارتباط قوي يجمع تنظيم الإخوان بالحركة السلفية الجهادية وعلى رأسها محمد الظواهري شقيق تنظيم القاعدة، مدللاً على ذلك باستشهاده بقول أحد قيادات الحركة أثناء التحقيق معه بأن الجهادية السلفية حصلت على 25 مليون دولار من قيادي إخواني بارز لتوحيد الجماعات الجهادية في سيناء في حركة واحدة. وفي هذا السياق، أكد نعيم أن الأجهزة الأمنية لديها تسجيل لمكالمة بين أيمن الظواهري والدكتور محمد مرسي، وهو ما يثبت صحة أقواله بأنه كان هناك اتفاق بين التكفيريين وجماعة الإخوان لارتكاب أعمال عنف وإرهاب في مصر. وشدد على أن هذا التحالف بين «الإخوان» و«القاعدة» سوف يقضي على الجماعة، حيث يبدو أن الله سبحانه وتعالى قد أذن بالقضاء عليها، معتقداً أن الجماعة التي مارست ممارسات ترفضها الغالبية العظمى من المصريين سوف تنتهي وتقضي على نفسها في غضون سنة من الآن وقال نعيم إن مصر تعيش في كارثة حكومة الدكتور حازم الببلاوي والتي ليست لها علاقة لا بثورة 25 يناير ولا بثورة 30 يونيو، حيث تحاول أن تعيد «الإخوان» إلى الحكم والمشهد السياسي مرة أخرى انصياعا للأوامر الأميركية وانصياعا لتوصيات كاثرين آشتون، ممثلة السياسة الأوروبية. ووصف نعيم حكومة الببلاوي بالفاشلة صاحبة الأيدي المرتعشة. وطالب نعيم بمبايعة السيسي ليكون رئيساً لمصر لأنه الوحيد القادر على الضرب بيد من حديد وإنهاء ما يسمى تنظيم الإخوان عضوياً وسياسياً.