استحدثت لجنة نظام الحكم بالخمسين فصل جديد خاص بمواد المحكمة الدستورية. ووضعت «نظام الحكم» المادة 164 والتي نصت على أن المحكمة الدستورية العليا جهة قضائية مستقلة قائمة بذاتها، مقرها مدينة القاهرة ويكون لها موازنة مستقلة، وتقوم الجمعية العامة للمحكمة على شئونها، ويؤخذ رأيها في مشروعات القوانين المنظمة لشئون المحكمة. كما وضعت اللجنة المادة 165 والتي نصت على أن المحكمة الدستورية العليا تتولى دون غيرها الرقابة القضائية على دستوريه القوانين، وتفسير نصوص الدستور، والنصوص التشريعية والفصل في المنازعات المتعلقة بشئون أعضائها، وفى تنازع الاختصاص بين جهات القضاء، والهيئات ذات الاختصاص القضائي والفصل في النزاع الذي يقوم بشأن تنفيذ حكمين نهائيين متناقضين صادر احدهما من أية جهة من جهات القضاء أو هيئة ذات اختصاص قضائي والآخر من جهة أخرى منها، والمنازعات المتعلقة بتنفيذ الأحكام والقرارات الصادرة منها، ويعين القانون الاختصاصات الأخرى للمحكمة وينظم الإجراءات التي تتبع أمامها. وجاءت المادة 166 التي استحدثتها اللجنة متضمنة أن تختار الجمعية العامة رئيس المحكمة من بين أقدم ثلاثة نواب لرئيس المحكمة بعد موافقة الجمعية العامة للمحكمة ويصدر رئيس الجمهورية قرار تعيينه، ويعين نواب رئيس المحكمة بقرار من رئيس الجمهورية بعد موافقة الجمعية العامة للمحكمة، وتؤلف هيئة المفوضين بالمحكمة الدستورية العليا من رئيس وعدد كاف من الرؤساء والمستشارين والمستشارين المساعدين وذلك على النحو المبين للقانون، ويصدر قرار بتعيينهم رئيس الجمهورية بعد موافقة الجمعية العامة للمحكمة. وأكدت المادة 167 التي تم استحدثها أن رئيس ونواب رئيس المحكمة الدستورية العليا ورئيس أعضاء هيئة المفوضين بها مستقلون وغير قابلين للعزل ولا سلطان عليهم في عملهم لغير القانون، ويبين القانون الشروط الواجب توافرها فيهم وحقوقهم وحضانتهم وتتولى المحكمة مساءلتهم تأديبيا وذلك على الوجه المبين للقانون.
