لقى الشيخ عيسى الخرافيين البرلمان السابق مصرعه بالقرب من نادي ضباط شرطة العريش ، على إثر تعرضه لهجوم بالرصاص من قبل مسلحين مجهولين . وأكدت مصادر أمنية ان مسلحين تربصوا بالشيخ عيسى الخرافين احد اكبر وجهاء قبيلة "الرميلات" برفح قرب نادى الشرطة واطلقوا عليه عيارات نارية مما أدى الى وفاته. وتم نقل جثمانه الى مستشفى العريش العام.