أودعت اللجنة الفنية المشكلة من أساتذة كلية الهندسة لفحص قطار البدرشين المنكوب، والوقوف علي أسباب الحادث تقريرها عن حالة القطار وقت الحادث، والأسباب التي أدت لوقوعه حيث ورد التقرير في حوالي 50 ورقة تضمنت عدد من المرفقات وصور المعاينة التي أجرتها اللجنة بالإضافة للنتيجة النهائية التي توصلت إليها اللجنة. كشف التقرير الذي تسلمه وفحصه المستشار أسامة حنفي رئيس نيابة حوادث جنوبالجيزة، أن اللجنة المشكلة برئاسة الدكتور محمد الشربيني العميد السابق لكلية الهندسة، وعضوين آخرين أن سبب وقوع الحادث "انفصال بنز التيلة" الخاص بفرامل القطار، وهي عبارة عن قطعة صلب خرجت عن مكانها مع سرعة، واهتزاز القطار وطار جزء منها علي العجلة الخلفية للقطار وعندما سقط الجزء الحديدي علي العجلة، خرجت عن مسارها علي القضبان، ووقع ذلك داخل محطة البدرشين بعد أن تخطي القطار المحطة بحوالي 450 متر، وان العربة المنفصلة سارت بميل علي الناحية المؤدية لقطار البضائع حتي اصطدمت به وانقلبت.
أضاف التقرير انه تم الكشف عن منتهي العشوائية في هيئة السكة الحديد، حيث تضاربت إفاداتهم حول السرعة المفترض أن يسير بها القطار، والتي قرروا في خطاب أن السرعة المفترضة من 90 إلي 105 كم في الساعة، بينما تضارب معه خطاب آخر، عندما قال أن السرعة تحدد بحوالي 120 كم في الساعة.
كانت المفاجأة عندما أصدرت هيئة السكة الحديد قرارا بعد وقوع الحادث بحوالي أسبوعين بأن يتم تخفيض سرعة جميع العربات المماثلة لعربة القطار المنكوب إلي 70 كم في الساعة لتقادم الأسطول، وهو ما يعد تقريرا متأخرا للغاية من الهيئة، فتم تكليف اللجنة بمهمة إضافية وهي افتراض إصدار القرار بتقليل السرعة، قبل وقوع الحادث وانتهت اللجنة انه إذا كانت سرعة القطار، اقل وقت وقوع الحادث فكانت قوة الاصطدام ستكون اقل بالثلث، ولم تكن لتنقلب العربة.
وعن مسئولية وزارة الداخلية، وقوات الأمن فصرح مصدرا قضائيا انه سيتم استدعاء رئيس قسم الترحيلات بأسيوط، والذي طلب قطار لمجندين بعدد 1056 بينما تبين أن العدد تخطي 1330 بالإضافة لأكثر من 30 شخص من المشرفين علي المجندين.
أضاف المصدر، انه سيتم تحديد المسئولين من وزارة الداخلية، وهيئة السكة الحديد عن حمولة القطار، مشيراً إلى انه تم إدخال 5 متهمين جدد في القضية، وهم" العطشجي" مساعد سائق القطار، والكمسري و3 "برادين" من أسيوط، وتولت النيابة التحقيق مع المتهمين لإصدار قرار بحقهم.