قررت اللجنة الدائمة للآثار الإسلامية والقبطية إزالة ما قامت به شركة المقاولات المسئولة عن ترميم مسجد الظاهر بيبرس لتعارضه مع الاشتراطات والمواصفات التي تحددها قوانين الآثار؛ ومنها استخدام الشركة للطوب الأحمر الوردي في بناء العقود والدعامات بالمسجد وهو ما يتعارض مع طبيعة البناء الأصلي للمسجد الأثري. وكانت وزارة الآثار شكلت لجنة برئاسة الدكتور مصطفى أمين الأمين العام للمجلس الأعلى للآثار وعضوية الدكتور مختار الكسبانى مستشار المجلس للآثار الإسلامية والقبطية والمهندس أبو الدرداء أبو زيد رئيس الشئون الفنية والهندسية والمهندس سيد طه مدير مشروعات جنوبالقاهرة والمهندس وحيد البربرى مدير مشروعات شمال القاهرة والمهندس محمود عبد المجيد مدير مشروع الظاهر بيبرس والأثري محمد عبد العزيز جوده مدير اثار القاهره والجيزة لدراسة ماورد بمذكرة المهندس الاستشاري للمشروع طارق المرى.
وجاء في قرار اللجنة ان استخدام الشركة للطوب الرملي الجيرى المعروف بالطوب الوردي يتعارض مع الناحية الشكلية واللون اضافة للتعارض مع المبادئ الأساسية للترميم المعماري للآثار والتي تقضى باستخدام نفس طرق ومواد الانشاء المطابق للاصل الاثرى لضمان توافق الخواص الطبيعية والميكانيكية بين ما هو اثرى اصيل وبين ماهو مستحدث وبما يضمن المنحنى الاستاتيكى للمنشأ ككل ؛ وعليه ترى اللجنة ازالة ما تم بناؤه من دعامات بالطوب الرملى على نفقة الشركة المنفذة.
الجدير بالذكر ان جامع الظاهر بيبرس من اهم المساجد الاثرية بالقاهرة حتى ان حى " الظاهر " المجاور لحى باب الشعرية سمى باسم المسجد.