نفى الشيخ سيد عبود بالقطاع الديني بوزارة الأوقاف ، ما ورد على لسانه في إحدى المواقع الإخبارية من سيطرة السلفيين والإخوان على المساجد ، مؤكداً أن هذا الأمر هو عمله واختصاصه الأول أن يحاربهم متسائلاً ، هل يمكن أن يدين نفسه وهو المسئول الأول عن متابعة عمل المساجد . وأكد«عبود» في تصريحات صحفية أن وزارة الأوقاف تسيطر على مساجد الجمهورية ، وما نشر في بعض الصحف من سيطرة السلفيين على المساجد لا أساس له من الصحة.