أمر النائب العام المستشار هشام بركات، الأحد، بإحالة محمد الظواهري، و68 آخرين إلى محكمة الجنايات، لاتهامهم بإنشاء وإدارة تنظيم إرهابي، مرتبط بتنظيم القاعدة، ويحمل فكر تكفيري، ويستهدف مواجهة أجهزة الدولة والعمل على قلب نظام الحكم بالقوة، واستهداف أفراد الجيش والشرطة ومنشآت وممتلكات الدولة، والأقباط ودور عبادتهم، واستحلال أموالهم. وكشفت تحقيقات نيابة أمن الدولة برئاسة المستشار تامر الفرجاني، أن المتهم محمد محمد ربيع الظواهري، الإرهابي شديد الخطورة ( بحسب التحقيقات)، استغل التغيرات التي طرأت على النظام السياسي بالبلاد وعاود نشاطه في تنظيم الجهاد وأعاد هيكلته، وربطه بالتنظيمات الإرهابية داخل مصر وخارجها إبان فترة حكم الرئيس السابق محمد مرسى. وأضافت التحقيقات، أن المتهمين من العناصر الإرهابية شديدة الخطورة، وقاموا بإنشاء وإدارة تنظيم إرهابي يهدف إلى تكفير سلطات الدولة ومواجهتها باستخدام السلاح، لتغيير نظام الحكم بالقوة، والاعتداء على ضباط وأفراد ومنشآت القوات المسلحة والشرطة، واستهداف الأقباط ودور عبادتهم واستحلال أموالهم، وارتكاب أعمال إرهابية بهدف نشر الفوضى في البلاد وتعريض أمن المجتمع للخطر. وتبين من التحقيقات، أن الظواهري أنشأ جماعة متطرفة، وقام بإمدادها بالأسلحة النارية ووضعها على أهبة الاستعداد لمواجهة الدولة حال تصاعد الاحتجاجات ضد الرئيس المعزول، بهدف التأثير في أمن البلاد ومقوماتها الاقتصادية، وأنه تمكن بمعاونة الإرهابيين نبيل محمد عبد المجيد المغربي ومحمد السيد حجازي، وداود خيرت أبو شنب وعبد الرحمن علي اسكندر، من استقطاب بقية أعضاء التنظيم. واستطردت التحقيقات، أن المتهمين تولوا إعداد بقية أعضاء التنظيم الإرهابي، فكريا وحركيا، وتدريبهم عسكريا بأماكن اجتماعاتهم السرية بمنيا القمح ومزرعة بناحية العدلية ببلبيس محافظة الشرقية، وبمقر مسجد تحت الإنشاء بالمطرية، وأحد المخازن بمدينة السادس من أكتوبر، ومحال إقامة بعض أعضاء التنظيم. وأكدت التحقيقات، أن المتهمين قاموا بتقسيم التنظيم لخلايا عنقودية منفصلة، هربا من الملاحقة الأمنية، حيث تخصصت كل خلية في تنفيذ ما أسند إليها من مهام، وهي دراسة أساليب رصد المنشآت والأفراد وطرق التخفي وكشف المراقبة، والتدريب العسكري على استخدام الأسلحة النارية وتصنيع المتفجرات وزرع القنابل، ودعم التنظيم بالأموال والسلاح والمواد الكيميائية. وذكرت التحقيقات أن التنظيم الإرهابي دفع ببعض عناصره للاشتراك مع تنظيم القاعدة في عمليات عسكرية بدولة سوريا، ضمن جماعة ''الطائفة المنصورة ودولة الإسلام في العراق والشام'' ثم صدرت إليهم الأوامر من قيادة التنظيم بالعودة عقب 30 يونيو لتنفيذ المخططات الإرهابية المشار إليها. وتوصلت التحقيقات إلى أدلة قاطعة تمثلت في اعتراف 25 متهما بصورة تفصيلية بتحقيقات النيابة العامة، بدورهم في ارتكاب جرائم إنشاء وإدارة جماعة إرهابية تأسست على خلاف أحكام القانون، الغرض منها تعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنع سلطات ومؤسسات الدولة من ممارسة أعمالها والاعتداء على الحرية الشخصية للمواطنين والحقوق والحريات العامة والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي وتمويل الإرهاب. واشملت لائحة الاتهام بحق المتهمين، على شروعهم في قتل ضباط وأفراد الشرطة ومقاومة السلطات، وحيازة مفرقعات ومتفجرات وأسلحة نارية وذخائر وأسلحة بيضاء. وتم ضبط 50 متهما من أعضاء التنظيم الإرهابي تنفيذا لإذن النيابة العامة، وعثر بحوزتهم على كميات هائلة من البنادق الآلية والخرطوش والذخائر، ومدفع هاون 82 مم وقذائفه، ومنصات إطلاق والصواريخ الخاصة بها، وقنابل وطلقات مدفعية ذات الدفاع الصاروخي، ومواد كيماوية وأدوات تصنيع المتفجرات، وعثر بحوزة المتهمين على هواتف محمول تم توصيلها بدوائر تفجير، وأحزمة ناسفة وكواتم صوت للأسلحة النارية، وشرائح الاتصال بعضها خاص بشركات اجنبية، وأموال طائلة بالعملات المحلية والأجنبية. وعثر أيضا بحوزة المتهمين على أوراق تنظيمية عن ''خطة حرب'' وطرق تنفيذ الاقتحامات والنسف والتخريب والاغتيالات وأنواع الأسلحة، وعناصر تكوين الخلايا الإرهابية العنقودية، ومعلومات وصور عن بعض المنشآت الحيوية مثل السد العالي ومحطات الكهرباء والمركز القومي للتحكم في الطاقة والغاز الطبيعي، ومستودعات الوقود، ومحطة القمر الصناعي، ومديريات الأمن، والقوات المسلحة. وكذلك صور ومعلومات عن ميناء دمياط ودواوين المحافظات والكنائس، وأسماء بعض الضباط والشخصيات الهامة ومعلومات عنهم، بالإضافة لأجهزة كمبيوتر محمولة تحتوي لقطات مصورة من عمليات إرهابية تم تنفيذها، ومراحل تفجير خط الغاز وطرق التفخيخ والتفجير عن بعد، وطرق حرب الشوارع، ومجموعة من الفتاوى التكفيرية. وأمر النائب العام بإحالة المتهمين للجنايات واستمرار حبس المتهمين الخمسين احتياطيًا، والأمر بضبط وإحضار ثمانية عشر هاربين وحبسهم احتياطىا على ذمة التحقيقات.