في الوقت الذي يعرف الجميع فيه أن هناك عداءً دائم ًابين البابا شنودة الثالث وإسرائيل جاءت تصريحات البابا شنودة في عظته الأسبوعية أمس الأول بالكاتدرائية المرقسية بالعباسية ليؤكد هذا العداء فيما تم توجيه سؤال له حول هل اليهود شعب الله المختار فكان رده: «لا». قال البابا حول هذا الأمر: إنه في قديم الزمان أيام ما كان العالم كله وثنياً وكان اليهود هم الوحيدون فيه كانوا يقولون إنهم شعب الله المختار ولكن الآن لما أصبح الملايين في العالم يؤمنون بالله ويعبدونه أصبحوا ايضاً هم شعب الله المختار، فليس من الطبيعي أن كل الذين في العالم غير اليهود هم ليسوا شعب الله، ولكن اقول لكم إن شعب الله المختار هو كل ما يؤمن بالله إيماناً صحيحاً. وحذر البابا شنودة الأقباط من جماعة «شهود يهوه»، وقال: إن هذه الجماعة ليست مسيحية ولها معتقدات خاطئة وأدعوكم لقراءة كتابي الذي أصدرته عن هذه الجماعة.