أوقعت قرعة كأس الاتحاد الآسيوي 2016 الوحدات أو الجزيرة في المجموعة الأولى والتي تضم الوحدات أو الجزيرة (الأردن)، العهد (لبنان)، التين اسير (تركمانستان) بانتظار الفائز من الدور التمهيدي (1) وهما الحد (البحرين) او كي الكتريك (باكستان)، في حين جاء نادي الفيصلي الفائز باللقب مرتين ضمن المجموعة الثانية في مواجهة نفط الوسط العراقي والاستقلال الطاجيكي والفائز من مباراة طرابلساللبناني وعلاي القرغيزي. وتم توزيع الأندية المشاركة في دور المجموعات على ثماني مجموعات، بحيث جاءت المجموعات من الأولى وحتى الرابعة لمنطقة غرب آسيا، ومن الخامسة وحتى الثامنة لشرق آسيا، وتم سحب القرعة بحيث لا تلعب أندية من ذات الدولة في نفس المجموعة. وتقام الجولة الأولى من الدور الأول يومي 23 و24 فبراير، على أن يتأهل فريقان من كل مجموعة إلى دور ال16. وسيكون الجزيرة بديلاً عن الوحدات في المجموعة الأولى في حال تأهل الأخير إلى بطولة ابطال آسيا.