قدمت أربع منظمات حقوقية شكوى إلى اللجنة القضائية المشرفة على تنظيم الاستفتاء على التعديلات الدستورية المقترحة بشأن مخالفات شابت عملية التصويت. وقالت منظمات "مراقبون بلا حدود" و"شبكة المدافعين عن حقوق الإنسان" و"تحالف المجتمع المدنى للحرية والعدالة والديمقراطية" و"مؤسسة عالم جديد للتنمية وحقوق الإنسان"، أن العملية تضمنت أخطاء وتجاوزات فى التصويت تؤثر على المعايير الدولية للنزاهة والشفافية فى إدارة العملية الانتخابية. وقالت المنظمات إنها لاحظت تأثيرا على إرادة الناخبين أمام اللجان من جانب الحزب الوطنى وجماعة الإخوان المسلمين والسلفيين للإدلاء بنعم فى التصويت، فضلا عن تدخل موظفى اللجان فى توجيه الناخبين للموافقة على التعديلات وهو ما يؤثر على النتيجة النهائية للاستفتاء. وشكت هذه المنظمات من عدم انتظام التصويت نتيجة عدم وجود قضاه بصورة كافية فى اللجان الانتخابية بنجع حمادى بقنا والبحيرة والمحلة الكبرى بالغربية، ونقص البطاقات الانتخابية فى عدة دوائر بالقاهرة والقليوبية وحلوان والجيزة وعدم تقدير اللجنة العليا للانتخابات للاحتياجات الفعلية للتصويت واضطرارها إلى طباعة 1.5 مليون بطاقة جديدة ووجود بطاقات دون ختم اللجنة ورفض عدد من القضاة التوقيع عليها وهو ما أدى إلى توقف التصويت فى عدد من اللجان لمدد تراوحت بين ساعة إلى ساعتين. ورصدت قيام "جماعات من الحزب الوطنى والإخوان المسلمين والسلفيين بحشد كبير للناخبين واستخدام وسائل النقل الجماعى لتوصيلهم للجان، واستخدام الشائعات المغرضة للتأثير على اختياراتهم بصورة مكثفة من الساعة الرابعة عصرا حتى نهاية التصويت أمام لجان محافظات القاهرة والشرقية والدقهلية والغربية و6 أكتوبر والفيوم وأسوان وهو ما يعد مخالفة قانونية لقواعد اللجنة العليا المشرفة على الانتخابات".