على الرغم من أن محمد رحيم ملحن موهوب، وساهم في اكتشاف العديد من المواهب، إلا أنه أصبح مؤخرا من أكثر من أثيرت حولهم المشاكل، وآخرها خلافه مع شيرين وجدي والشاعر أيمن بهجت قمر، بسبب بيع رحيم نفس الأغنية لشيرين وجدي التي غنت الأغنية التي كتبها أيمن بهجت قمر بصوتها عام 2003 بعنوان "بين البينين"، وكذلك لنانسي عجرم التي غنتها بعنوان "عيني عليك" في ألبومها الجديد الذي صدر منذ أيام. وحول هذه الأزمة، رفض رحيم اتهامه بالسرقة أو النصب، وقال "هذه الأغنية لها قصة، فقد استمعت إليها شيرين وجدي منذ 8 سنوات وقامت بتسجيلها على أن تضمها لألبومها الجديد، فمضيت علي التنازل بتاعها، بعدها بفترة استمعت نانسي عجرم لنفس الأغنية وطلبتها مني، فقلت لها إني ارتبطت بكلمة مع شيرين وجدي، وانتظرت أن تضم شيرين الأغنية لألبومها، ولم تفعل، فكل ما فعلته أنها أذاعت الأغنية في الإذاعة لمدة أسبوعين فقط". وتابع رحيم قائلا إن القانون في صفه، مادامت الأغنية لم تصدر ضمن مصنف فني، حيث إن قانون جمعية المؤلفين والملحنين يعطي له الحق في بيعها مرة أخرى، بعد مرور سنة على عدم صدورها في مصنف فني. وعن استخدامه لبعض الكلمات التي كتبها قمر، قال: "الجزء المتشابه في الكلمات هو الجزء الذي تقدمت به كتيمة شعرية مع اللحن لأيمن بهجت قمر في البداية، وهو كتب عليه، وهو جملة "بدوب أدوب"" ورفض رحيم أن يكون هذا مبررا لقمر لكي يهاجمه ويتهمه هو وأمه إكرام العاصي بالإفلاس، كما كتب رحيم على موقع الفيس بوك، وقال إن السر الحقيقي وراء غضب قمر أن الأغنية قد نجحت. وفجّر رحيم مفاجأة بقوله: "وبعدين ما هو أيمن عمل الحركة دي معايا أكتر من مرة ولم أعترض، أغنية "ستة الصبح" دي مثلاً كان هيغنيها إيهاب توفيق، ولحنتها علي كلمات أيمن بهجت قمر، وقام هو ببيعها لحسين الجسمي، بعد أن طلب من وليد سعد تلحينها من جديد وأغاني أخري عديدة". ولتدعيم موقفه، أكّد رحيم أن هذا الأمر قد حدث معه ومع عمرو دياب نفسه أكثر من مرة من قبل، وقال: "في المرة الأولى استمع عمرو لأغنية "اللي بيني وبينك" ولم يسجلها، فوجدت جنات كانت لسه جديدة وعايزة تغني، فتنازلت لها عن الأغنية، فعاد عمرو دياب وسجل الأغنية بصوته، وغناها في الحفلات من غير تنازل". وتابع رحيم في تحد: "وخليه يطلّع صورة التنازل لو معاه، لكني لم أتخذ أي موقف قانوني، لأنه عمرو دياب الذي ساعدني في بداياتي، وبالمناسبة لم تكن هذه هي المرة الأولي التي يفعلها فيها عمرو دياب فقد كررها في موقف آخر معي، عندما كتب علي أغنية "بقدم قلبي" أنها من ألحان عمرو مصطفى، رغم أن 60 % منها لحني وتقطيعي وإيقاع اللحن كله بتاعي، وأيمن بهجت قمر شاهد علي ما حدث، لأن هو مؤلف الأغنية، وعارف الموضوع ده كويس يعني موتني ورقص علي جثتي".