قالت الجماعة الإسلامية وحزب البناء والتنمية أن لجنة الخمسين الانقلابية كشفت عن توجهها العلماني والإقصاءى للمنافسين السياسيين للتيار المسيطر عليها مشيرة الى ان ذلك بات واضحا في تعديل المادة 54 من الدستور المعطل بحيث تنص على "حظر إنشاء أحزاب على أساس ديني أو مباشرتها النشاط السياسي على أساس ديني أو بما يخالف قيم الديمقراطية". واكدت ان هذا التعديل يراد به إلغاء وجود الأحزاب السياسية القائمة على أساس المرجعية الدينية ويمنح السلطات حق إلغاء أي حزب لا ترضى عنه بدعوى أنه يخالف قيم الديمقراطية. وانتقدت الجماعة وحزب البناء والتنمية في تصريحات خاصة " إصرار اللجنة على منع قيام الأحزاب على أساس ديني بينما مفهوم ذات النص يبيحه على أساس إلحادي لافتة الى ان هذا يكشف الفارق الكبير بين هذه اللجنة الإقصائية والجمعية التأسيسية التي صاغت دستور 2012 والتي لم تتجه إلى حظر تأسيس الأحزاب على أساس علماني أو إشتراكي واكتفت بمنع تأسيس الأحزاب على أساس التفرقة الدينية والفئوية حيث نصت المادة 6 في دستور 2012 على "ولا يجوز قيام حزب سياسى على أساس التفرقة بين المواطنين، بسبب الجنس أو الأصل أو الدين". ووصفت لجنة الخمسين بانها لجنة إقصائية وأن تعديلاتها ضد الحرية والهوية .
