الفريق عبدالفتاح السيسي رئيس المخابرات الحربية والاستطلاع الذي حلف اليمين أمام الرئيس محمد مرسي كوزير للدفاع خلفاً لحسين طنطاوي، يعد أصغر أعضاء المجلس العسكري سناً، كما أن له مواقف تختلف عن باقي أعضاء المجلس الذي ظل ممسكاً بزمام السلطة في البلاد منذ 11 فبراير 2011 وحتى الآن. فكانت له تصريحاته التي هاجم فيها التعامل العنيف للأمن مع المتظاهرين بُعيد الثورة المصرية المجيدة، فقد صرح من قبل أن هناك حاجة ماسة لتغيير ثقافة قوات الأمن في تعاملها مع المواطنين وحماية المعتقلين من التعرض للإساءة أو التعذيب. نشر في وقت سابق من هذا الشهر أن هناك مصادر سيادية مطلعة قالت أن الصراع بين الأجهزة العليا في الدولة وصل لمرحلة غير مسبوقة، قائلة أن كل جهاز صار متسلحاً بكتيبة من الإعلاميين والكتاب الذين يروجون لأهدافه ويهاجمون خصومه حتى من الأجهزة الأخرى. وقالت هذه المصادر إن المخابرات العامة وأعضاء بالمجلس العسكري السابق استخدموا توفيق عكاشة صاحب قناة الفراعين وابن شقيقة الجاسوس فاروق الفقي في إحباط مسعى لجماعة الإخوان المسلمين لتعيين السيسي رئيس المخابرات الحربية وزيراً للدفاع. وبحسب المصادر كان هناك اتجاه لتعيين السيسي بدلاً من طنطاوي غير أن المخابرات العامة وأعضاء بالمجلس العسكري حرضوا عكاشة على شن هجوم حاد على السيسي بغرض حرقه ونسف الفكرة في مهدها. وأوضحت المصادر أن عكاشة نفذ المطلوب منه جيداً حيث قدم مساء يوم إعلان نتيجة انتخابات الرئاسة وفوز الدكتور محمد مرسي حلقة على الفضائية التي يمتلكها هاجم فيها الفريق السيسي بشدة واتهمه بأنه "إخواني متنكر"، وأن زوجته ترتدي النقاب، وهو ما دفع الصفحة الرسمية للمجلس العسكري على الفيس بوك في اليوم التالي لنشر بيان رسمي للمجلس نفت فيه تماماً أي وجود للنقاب بين زوجات رجال القوات المسلحة، ويبدو أن الرئيس محمد مرسي نجح في القضاء على مخططات هذه الجهات وأسفرت جهوده في الفترة الماضية عن تحقيق هدفه بإقالة حسين طنطاوي وتعيين الفريق عبدالفتاح السيسي خلفاً له لإحداث عملية التغيير التي لطالما طالبه بها الشعب المصري منذ تولي منصبه في 30 يونيو الماضي. السيسي هو أول من اعترف فعليًا بإجراء كشوف العذرية، في حواره مع أمين منظمة العفو الدولية؛ بحجة حماية الجيش من مزاعم الاغتصاب التي قد تلحق بالجنود بعد الإفراج عن المحتجزات. كما أنه أول من أعلن صراحة الحاجة إلى تغيير ثقافة قوات الأمن، وأعطى تأكيدات بأن هناك تعليمات بعدم استخدام العنف ضد المتظاهرين وحماية المعتقلين من التعرض للمعاملة السيئة، وأكد على أن الجيش لا ينوي اعتقال النساء مرة أخرى. اتهمه الإعلامي توفيق عكاشة بالتحكم في سلوك أعضاء المجلس العسكري، حيث شن هجوما عنيفا على المجلس وعلى رأسه المشير طنطاوي، متهما إياهم بالخضوع لضغوط المخابرات الحربية، ومديره اللواء عبدالفتاح السيسي، حيث اتهم عكاشة السيسي بأنه ينتمي للإخوان المسلمين، وأن بعض أفراد أسرته يرتدين النقاب والجوانتي، وهو ما دفع المجلس للتأكيد على أن ما قاله عكاشة ما هو إلا افتراءات ومحض كذب.
