شاهد عيان على مؤشرات الصعود والهبوط بين البلدين، تسلَّم السفير المصري محمد مرسي عوض مهام عمله في قطر منتصف يوليو 2012، تحت مسمى سفير فوق العادة، ومفوضًا من الرئاسة المصرية لدى قطر. كان يشغل منصب مساعد وزير الخارجية لشؤون السودان، قبيل ترشيحه سفيرًا لدى قطر، ويعد أول سفراء مصر بالخارج يعتمد الرئيس الأسبق محمد مرسي قرار سفره، خلفًا للسفير السابق محمود فوزي أبو دنيا، الذي كان قد صدر قرارًا من وزير الخارجية بنقله إلى بغداد. "بداية صفحة جديدة".. الرؤية المصرية لقطر وقت تولي مرسي مهام السفير فيها فعبر عنها في تصريح له حول حقيقة اختياره لشغل المنصب، وعدَّها بداية صفحة جديدة متميزة من العلاقات المصرية القطرية بعد ثورة 25 يناير، حيث كانت تشهد العلاقات زخمًا كبيرًا ونموًا اقتصاديًا وسياسيًا ملحوظًا، أفضى بدوره على جميع المجالات الأخرى. ينتمي مرسي للصعيد ومسقط رأسه مركز البلينا بمحافظة سوهاج، وكان من أوائل طلبة كلية الاقتصاد والعلوم السياسية، وعمله في السلك الدبلوماسي وهو السبب في ترشحه لهذا المصنب، حيث كان محل ثقة رؤسائه طوال فترة عمله بوزارة الخارجية لأكثر من 30 عامًا في مختلف السفارات العربية والإفريقية والأجنبية، مثلما أوضح في حوار صحفي له، حيث عمل سفيرًا بالمملكة العربية السعودية، وانتقل بعدها للعمل سفيرًا بدولة اليمن، بخلاف عمله بعدها سفيرًا لمصر في دولة كينيا الإفريقية، ثم سفيرًا بلندن، ما صقل خبراته في العملية السياسية. في مارس 2014، أعلنت مصر أن السفير المصري في الدوحة الموجود في القاهرة منذ أوائل فبراير 2014، لن يعود إلى قطر في الوقت الراهن وأن قرار استبقائه في القاهرة قرار سياسي وسيادي، واعتبرت الحكومة المصرية أن موقف مصر الثابت هو أن مشكلة قطر ليست معها إنما مع غالبية الدول العربية، وأضافت أنه: "على قطر أن تحدد موقفها بوضوح، فإما أن تقف إلى جانب التضامن العربي ووحدة الصف وحماية الأمن القومي للأمة في ظل التحديات الجسيمة التي تواجهها، أو أن تقف إلى الجانب الآخر وعندئذ عليها أن تتحمل تبعات ومسؤولية ذلك"، وجاء ذلك التصريح بعد سحب سفراء السعودية والإمارات والبحرين من قطر. لم يُدلِ السفير محمد مرسي بأي تصريحات عقب عودته إلى القاهرة، ولم يعد إلى الدوحة مرة أخرى، حتى أعلنت وزارة الخارجية نقله لمنصب قنصل مصر العام في مدينة مومباي في الهند.