انتصرت 30 يونيو، واحتجز الرئيس الأسبق محمد مرسي، في مكان غير معلوم وصدرت أوامر باعتقال 300 من الإخوان، إلا أن معظم هذه القيادات لم يطالهم الضبط بعد عزل مرسي مباشرة، ونرصد أبرز مصائر قيادات الإخوان بعد 30 يونيو: - محمد مرسي: تحفظت القوات المسلحة عليه بمكان غير معلوم، بعد البيان الصادر من القوات المسلحة، يوم 3 يوليو 2013، بعد تعطيل العمل بالدستور والقانون بشكل مؤقت. - محمد البلتاجي: ألقت الأجهزة الأمنية، يوم الخميس الموافق 29 أغسطس 2013، القبض على محمد البلتاجي القيادي بجماعة الإخوان، داخل أحد المنازل بقرية ترسا التابعة لمركز أبوالنمرس بمحافظة الجيزة، وبصحبته خالد الأزهري وزير القوى العاملة السابق، وجمال العشري، أحد قيادات الجماعة بالجيزة، و17 من القيادات الإدارية بالجماعة، وعثر أثناء الضبط على عدد من الكاميرات كان يستخدمها البلتاجي في بث رسائله على "الجزيرة"، كما عُثر على بعض الأوراق والمستندات الخاصة بتنظيم الإخوان وعدد من الأسلحة النارية، واستغرقت عملية القبض على البلتاجي 3 ساعات ولم يبدِ أي مقاومة أثناء عملية القبض عليه، وفقًا لأحد المصادر الأمنية. - صفوت حجازي: ألقت قوات الأمن، يوم الأربعاء الموافق 21 أغسطس 2013، القبض على الداعية المتشدد صفوت حجازي المعروف بمواقفه الداعمة لجماعة الإخوان، قبل مدخل واحة سيوة بمرسى مطروح قبل هروبه إلى ليبيا، في كمين نصبته القوات المسلحة، وظهر حجازي صابغًا شعره وحالقًا لحيته "دوجلاز"، حيث إن أحد الأكمنة التابعة للقوات المسلحة المتمركزة قبل مدخل واحة سيوة بمطروح، وتحديدًا قبل مدخل واحة سيوة ب21 كيلومترًا اشتبه في سيارة وبعد إيقافها لفحص هوية مستقليها تبين أن من بينهم الداعية صفوت حجازي، وتبين من التحقيقات أن حجازي كان مختبئًا بأحد الأماكن بصحبة محامٍ. - محمد بديع: ألقت قوات الأمن القبض على المرشد العام لجماعة الإخوان، محمد بديع، يوم الثلاثاء الموافق 20 أغسطس 2013، في شقة سكنية في شارع الطيران في منطقة رابعة العدوية، وكان برفقته قياديان بالجماعة وستة من حراسه ومساعديه. - خيرت الشاطر: ألقت مأمورية مشتركة من قوات الأمن الوطني والأمن العام ومباحث القاهرة، مساء يوم الجمعة الموافق 5 يوليو 2013، القبض على المهندس خيرت الشاطر، النائب الأول للمرشد العام للإخوان، بمسكن شقيقه بالحي الثامن بمدينة نصر. - حسن البرنس: ضبطت قوات الشرطة، يوم الخميس، الموافق 22 أغسطس 2013 القيادي الإخواني، حسن البرنس، الذي كان يشغل النائب السابق لمحافظ الإسكندرية، بأحد العقارات بمدينة نصر، وفقًا لمعلومات وتنسيق بين ضباط مديرية أمن الإسكندرية وجهاز الأمن الوطني، وكان البرنس يقيم بمنطقة سموحة التي تقع بنطاق قسم شرطة سيدي جابر، ووجهت مديرية أمن الإسكندرية حملة أمنية لمقر سكنه، لكنه لم يكن متواجدًا فيه، وتم تحديد موقعه وفقًا لتحريات البحث الجنائي بالإسكندرية والأمن الوطني. - مراد علي: ألقت شرطة جوازات مطار القاهرة الدولي، فجر يوم الأربعاء الموافق 21 أغسطس 2013، القبض على مراد علي، المستشار الإعلامي لحزب الحرية والعدالة، أثناء محاولته السفر إلى العاصمة الإيطالية روما، وكان علي مرتديًا ملابس غير رسمية "كاجوال" وسلسلة، حليق اللحية، لكن أجهزة الشرطة بالمطار نجحت في ضبطه، لورود اسمه على قوائم الممنوعين من السفر بتعليمات من جهة سيادية. - أسامة ياسين: ألقت قوات الأمن، صباح يوم الإثنين الموافق 26 أغسطس 2013، القبض على وزير الشباب السابق والقيادي بجماعة الإخوان أسامة ياسين، والصادر بحقه أمر ضبط وإحضار من النيابة العامة، وبرفقته محمد حافظ سكرتير القيادي الإخواني خيرت الشاطر، داخل إحدى فيلات منطقة التجمع الخامس بالقاهرة، ولم يقاوم ياسين قوات الأمن. - عصام العريان: ألقت قوات الأمن، فجر يوم الأربعاء الموافق 30 أكتوبر 2013، القبض على الدكتور عصام العريان، نائب رئيس حزب الحرية والعدالة الذراع السياسية لجماعة الإخوان، في شقة بالتجمع الخامس، بعد أكثر من 100 مأمورية استهدفت "العريان" في 8 محافظات، ولم يقاوم العريان أجهزة الأمن أثناء عملية القبض عليه، وسلم نفسه بمجرد مداهمة الشقة، وقال العريان في تدوينة له عبر صفحته بموقع التواصل الاجتماعي "فيسبوك" كتبها من خلال هاتفه المحمول بعد القبض عليه: "اطمئنوا وإلى لقاء". وفي أول يونيو 2015 تم القبض على القياديين البارزين محمود غزلان المتحدث بإسم الإخوان، وعبدالرحمن البر الملقب ب"مفتي الجماعة" بشقة بمدينة السادس من أكتوبر.
