أثار قرار الرئيس عبدالفتاح السيسى بتعديل بعض أحكام قانون تنظيم الجامعات، الذى ينص على اختيار رؤساء الجامعات وعمداء الكليات عن طريق التعيين وليس الانتخاب، ردود فعل مختلفة من قبَل رؤساء الجامعات الحاليين، وأعضاء هيئات التدريس، والحركات الثورية بالجامعات. وقال الدكتور السيد عبدالخالق، وزير التعليم العالى، إنه سيعقد اجتماعات مع أعضاء هيئات التدريس لوضع آليات اختيار القيادات الجامعية، وأشار إلى أن رؤساء الجامعات المنتخبين سيواصلون فتراتهم القانونية. وقال الدكتور عبدالحكيم عبدالخالق، رئيس جامعة طنطا، إن القرار يضمن أن تكون جميع القيادات الموجودة ذات كفاءة إدارية وعلمية، وإن القرار كان مقترحاً من المجلس الأعلى للجامعات، بعد الموافقة عليه بالإجماع، وإرساله لمجلس الوزراء ومن ثم للسيسى. وقال الدكتور ماجد القمرى، رئيس جامعة كفر الشيخ، إن تجربة الانتخابات أدت إلى ظهور «الشللية» و«كسل» أعضاء هيئة التدريس، وقال الدكتور حسين عيسى، رئيس جامعة عين شمس، إن 99% من دول العالم تتبع نظام التعيين لقيادات الجامعات، وإن الجامعات ليست نوادى لانتخاب قياداتها. من جهة أخرى، انتقدت الحركات الثورية داخل الجامعات القرار، واعتبر الدكتور يحيى القزاز، عضو حركة «9 مارس» بجامعة حلوان، أن القرار ينبئ بمستقبل مظلم، ويمثل «سبة» فى بداية عهد «السيسى»، وأضاف أن القرار يعنى التنكر لكل ما قاله عن الديمقراطية، وعودة للوراء ب«طائرة نفاثة». وقال الدكتور هانى الحسينى، عضو حركة «9 مارس» بجامعة القاهرة، إن هذا القرار إعلان بانحياز رئيس الجمهورية للديكتاتورية، وعدم احترامه للدستور، وقال محمد كمال، المتحدث باسم النقابة المستقلة لأعضاء هيئة التدريس، إن الأساتذة لا يملكون سوى اقتراح نظام بديل يجمع بين ميزات نظامى التعيين والانتخاب، ويتلاشى عيوبهما.