تلال من المشاكل والملفات الساخنة المتعلقة بالتعليم العالى والبحث العلمى والجامعات فى انتظاره، بدءاً من مظاهرات الطلاب وحالات الفوضى بساحات الحرم الجامعى، إلى قانون تنظيم الجامعات، واعتراض الطلاب عليه، وتهديد الاتحادات والقوى الطلابية بتعطيل الدراسة مع بداية الفصل الدراسى الثانى، حال صدور قرار رسمى بعودة الحرس الجامعى، وحل المشاكل المالية للعاملين بالجامعات، مروراً بأزمة المستشفيات الجامعية، واللائحة الجديدة للاتحادات الطلابية التى ورد فيها «حظر العمل الحزبى بالجامعات»، وصولاً إلى الجامعات الخاصة والتعليم الفنى. اختير الدكتور وائل الدجوى وزيراً للتعليم العالى والبحث العلمى، فى حكومة المهندس إبراهيم محلب، بعد اعتراض الكثيرين على إسناد الحقيبة للدكتور أشرف منصور رئيس مجلس أمناء الجامعة الألمانية. عُين للعمل مساعداً للدكتور جابر نصار، رئيس جامعة القاهرة، للشئون الهندسية ومشروعات الجامعة الجديدة، ورشح من قبل لعدة مناصب وزارية، أبرزها وزارتا الاتصالات والإسكان، وهو زميل المهندس إبراهيم محلب الذى سبقه بالتخرج فى هندسة القاهرة، ومتخصص فى الإنشاءات والمبانى. تباينت ردود الفعل عقب اختيار «الدجوى» وزيراً للتعليم العالى والبحث العلمى، بين رؤساء الجامعات وأعضاء هيئات التدريس بالجامعات والاتحادات الطلابية، ما بين مؤيد ومعارض لقرار «الوزراء» بتولى «الدجوى»، وعلق العديد من أعضاء هيئة التدريس قائلين: «من منصور للدجوى يا قلبى لا تحزن». فيما رفض القرار العديد من الحركات الطلابية والثورية بمختلف الجامعات، بدعوى أن «تعيين الدجوى فى المنصب مؤشر على اتجاه النظام لتصعيد عمليات القمع الأمنى والتعسف الإدارى خلال الفصل الدراسى الثانى»، معلنين استمرارهم فى النضال ضد جميع أشكال انتهاك حقوق الطلاب وحرياتهم، وتنسيق جهودهم خلال الفصل الدراسى الجديد للضغط من أجل انتزاع مطالبهم، ورفض اختياره من قِبل حكومة «محلب». «الدجوى» وعد بحل جميع المشاكل التى تواجه التعليم العالى والبحث العلمى والجامعات، وأنه سيواجه عنف طلاب جماعة الإخوان وغيرهم من مثيرى الشغب والخارجين عن التقاليد الجامعية بصرامة وبتطبيق القانون، نظراً لأن الجامعات منارة علمية وليست ساحات للمعارك وممارسة الأنشطة الحزبية والسياسية. وعد «الدجوى» بمناقشة قرار عودة الحرس الجامعى الذى قضت به محكمة الأمور المستعجلة مع مستشارى الوزارة لاتخاذ الإجراءات القانونية اللازمة، ومناقشة عودة الحرس الجامعى من عدمه.
