تعرض المجلس القومى لحقوق الإنسان لهجوم من عدد من النشطاء والحقوقيين، سواء لاتهامه بالتراخى عن الدفاع عن المحبوسين على ذمة قضايا، والذين اتهموا جهاز الشرطة بتعذيبهم، أو لكونه ما زالت ميوله «إخوانية»، ويُصدر تقارير تدين الداخلية على خلاف الحقيقة. قال الناشط الحقوقى نجيب جبرائيل، رئيس منظمة الاتحاد المصرى لحقوق الإنسان، إن المجلس القومى لحقوق الإنسان ما زال تحت سيطرة الإخوان.. وتقاريره لا تعبر عن الحقيقة، مشيراً إلى أن هناك بعض المنظمات الحقوقية التى تعمل لصالح الغرب وتنفذ أجندات أجنبية، وتتلقى أموالاً من السفارة الأمريكية بالقاهرة. فى المقابل، دافعت الحقوقية شاهندة مقلد، عضو المجلس القومى لحقوق الإنسان، عن المجلس، وقالت إن هناك حرباً تُشن فى الفترة الأخيرة على المجلس وأعضائه مع اقتراب الكشف عن تقرير لجنة تقصى الحقائق فى فض اعتصامى رابعة العدوية والنهضة وأحداث سيارة ترحيلات سجن أبوزعبل. وأضافت أن المجلس خلال الفترة الماضية نظم عدة زيارات لبعض السجون وحضور المحاكمات مع النشطاء، والتواصل مع رئيس الجمهورية والمسئولين لتسجيل ملاحظاته عن انتهاكات حقوق الإنسان، فضلاً عن أنه ليس جهة تنفيذية، لكنه يقدم تقاريره حول الوقائع ويوصى بالأخذ بها.