يعيش الإخوان في تلك المرحلة حالة من فقدان الوعي، عقب عزل محمد مرسي، وتضييق الخناق على الجماعة من خلال الملاحقات الأمنية لقياداتهم لمنع تنفيذ مخطط الفوضى بمصر، بات مصير الجماعة المحظورة مجهولًا، بعد أن تلقت ضربة قاصمة أودت بانهيارها، وآثار ذلك الأمر العديد من التساؤلات، أهمها: هل تغيب الجماعة عن المشهد السياسي في الفترة المقبلة، أم أنها ستتخذ منحى بعض قيادات الجماعة الإسلامية في الثمانينات بعمل مراجعات فكرية ونقد ذاتي لفكر الجماعة، أو أن العمل السري سيكون الطريق القادم للإخوان، والذى يعد الطريق الأسهل بالنسبة إليهم. "العمل السرى أو المراجعات الفكرية أو اللاوجود".. ثلاثة سيناريوهات تحسم مصير الإخوان في المستقبل، حيث يقول الدكتور عمرو هاشم ربيع الباحث السياسي، إن وجود جماعة الإخوان في المستقبل يتوقف على توجه الدولة تجاه الجماعة، وسلوكها هي تجاه الشعب المصري، مشيرًا إلى احتمالية انتهاج الجماعة العمل السري، في حالة صدور حكم بحظر حزب الحرية والعدالة بشكل نهائي. وأكد ربيع، في تصريح ل"الوطن"، أن فكرة النقد الذاتي والمراجعات الفكرية لجماعة الإخوان أمرًا صار مستحيلًا، في ظل حالة العناد والمكابرة لقياداتها، لافتا إلى أن عمليات العنف في الشوارع عقب سقوط الرئيس المعزول محمد مرسى تشير إلى أن العمل السري الأقرب للجماعة في الفترة المقبلة، مستبعدًا اختفاء الإخوان من الحياة السياسية في تلك المرحلة، مؤكدًا أن ذلك الأمر سيأخذ وقتًا، مبررًا ذلك بأنه لا يمكن محو تاريخ الجماعة طوال الثمانين عامًا ب"جرة قلم"، على حد وصفه. من ناحية أخرى أشار الدكتور رفعت السعيد الرئيس السابق لحزب التجمع، إلى أن الإخوان لن تستطيع اللجوء للعمل السري بعدما انكشفت مخططاتهم، موضحًا أن الجماعة تسعى دائما لترويع المواطنين لتنفيذ مخططها بإفساد التصويت على الدستور، مشددًا على أن التيارات والقوى السياسية لن تسمح للجماعة بتنفيذ ذلك المخطط، مستبعدًا فكرة المراجعات الفكرية أو النقد الذاتي لعناصر المحظورة، قائلا "عناصر الإخوان ليسوا ملك أنفسهم، بل أنهم ملك التنظيم الدولي، وينفذون المخطط التركي القطري بإخضاع مصر". ولفت الدكتور حسن نافعة الباحث السياسي، إلى أن موقف الوجود الإخواني في الحياة السياسية في الفترة القادمة متوقف على عملية المصالحة بين الدولة والجماعة، لافتًا إلى أن استمرار الإخوان في عملية العنف وغموض النظام حول عملية المصالحة يجعل الأمر مستحيلًا. وقال نافعة "إن الجماعة لن تستطيع الاندماج في الحياة السياسية الجديدة في تلك الفترة"، مرجحًا استبعادهم لما بعد الانتخابات الرئاسية المقبلة، مؤكدًا أن "المراجعات الفكرية للجماعة لن تتم في ظل عدم تقنين أوضاع حزب الحرية والعدالة وفقًا للنظام السياسي الجديد". وأوضح الدكتور وحيد عبد المجيد الباحث السياسي وقيادي بجبهة الإنقاذ، أن الاتجاه التي تسعى إليه جماعة الإخوان هو أن تحافظ على التنظيم، ويبقى تنظيمًا سريًا للبقاء على مخزون القوة الموجود لديها، متوقعا استمرار ذلك المشهد الذي نعيشه الآن وانتهاج الجماعة للعنف على مدى عام أو عامين على المدى القصير، مستبعدًا المراجعات الفكرية لجماعة الإخوان أو انتهاءها من العمل السياسي للأبد، مشيرا إلى أن الجماعة عادت لما كانت عليه سابقًا ولم يتغير وضعها، مؤكدًا أن موضوع المصالحة خلال ذلك العامين مستبعد كذلك. وتوقع عمرو عمارة عضو تحالف الإخوان المنشقين، أن جماعة الإخوان ستغادر المشهد السياسي في 25 يناير المقبل، بعد فشل مخططهم الفوضوي، مؤكدًا أن العمل السري سيعود للفكر الإخواني مرة أخرى، قائلًا "إن الإخوان ستنفذ العمل السري من خلال اغتيالات الشخصيات المؤيدة ل30 يونيو"، لافتًا إلى أن التحالف طرح مصير الإخوان في المستقبل خلال اجتماعه مع المستشار الإعلامي لرئيس الجمهورية أحمد المسلماني.