بعد دراسته فى الكتّاب انتقل الى المدرسة الزراعية في مدينة سلمية التابعة لمحافظة حماة بسورية حيث أتم فيها دراسته الإعدادية ، وفى المرحلة الثانوية إرسله والده الذى كان يعمل فلاحاً بسيطاً عمل أجيرًا في أراضي الآخرين طوال حياته، يطلب من أصحاب المدرسة الرأفة بابنه فقاموا بتعليقها على أحد جدران المدرسة مما جعله أضحوكة زملائه؛ الأمر الذي دفعه إلى الهروب من المدرسة والعودة إلى مدينة سلمية ، عمل فى تلك الفترة فلاحاً حتى لا يهزم الفقر موهبته الشعرية فنشر أول قصيدة بعنوان "غادة يافا" في مجلة الآداب البيروتية. بعدها قام الماغوط بخدمته العسكرية في الجيش وكتب قصيدته النثرية "لاجئة بين الرمال" التي نُشِرَت في مجلة "الجندي". لم يستسلم الماغوط بعد ان إنهى تعليمه فى مرحلة مبكرة للجهل وقرر أن ينضم حزبيا للحزب السوري القومي الاجتماعي دون أن يقرأ مبادئه، إلا أنه لم يدم انتماؤه الحزبي طويلاً وقد سحب عضويتها في الستينات بعد أن سجن ولوحق بسبب انتمائه. ولأن الشاعر دائما ما تتسبب قصائده فى غضب الأنظمة ، قرر الماغوط الهرب إلى بيروت في أواخر الخمسينات خلال فترة الوحدة بين سورية ومصر حيث كان الماغوط مطلوباً في دمشق، ودخل لبنان بطريقة غير شرعية سيراً على الأقدام، وهناك انضمّ الماغوط إلى جماعة مجلة شعر حيث تعرف على الشاعر يوسف الخال الذي احتضنه في مجلة شعر بعد أن قدمه أدونيس للمجموعة، و في بيت أدونيس تعرف أيضا الماغوط على الشاعرة سنية صالح وهي شقيقة خالدة سعيد زوجة أدونيس (التي أصبحت في ما بعد زوجته) ، وكان التعارف سببه تنافس على جائزة جريدة النهار لأحسن قصيدة نثر. عاد الماغوط إلى دمشق بعد أن غدا اسماً كبيراً، حيث صدرت مجموعته الأولى حزن في ضوء القمر (عن دار مجلة شعر، 1959)، التي ألحقها عن الدار نفسها بعد عام واحد بمجموعته الثانية "غرفة بملايين الجدران" (1960)، وتوطدت العلاقة بين الماغوط وسنية صالح بعد قدومها إلى دمشق لاكمال دراستها الجامعية. وفي العام 1961 أدخل الماغوط إلى السجن للمرة الثانية وأمضى الماغوط في السجن ثلاثة أشهر، ووقفت سنية صالح وصديقه الحميم زكريا تامر إلى جانبه خلال فترة السجن، وتزوج الماغوط من سنية صالح عقب خروجه من السجن، وأنجب منها ابنتيه شام وسلافة. في السبعينات عمل الماغوط في دمشق رئيساً لتحرير مجلة «الشرطة» ، وكانت مسرحياته المتوالية "ضيعة تشرين" و"غربة"، انتقل بعد ذلك ليكتب «أليس في بلاد العجائب» في مجلة المستقبل الأسبوعية.. خلال الثمانينيات سافر الماغوط إلى دولة الإمارات وإلى إمارة الشارقة بالتحديد وعمل في جريدة الخليج وأسس مع يوسف عيدابي القسم الثقافي في الجريدة وعمل معه في القسم لاحقا الكاتب السوري نواف يونس،يعدّ محمد الماغوط أحد أهم رواد قصيدة النثر في الوطن العربي، فى الوقت نفسه لم تقتصر كتابات الماغوط لقصيدة النثر، حيث كتب الرواية والمسرحية وسيناريو المسلسل التلفزيوني والفيلم السينمائي. فى عام 1985 توفيت زوجته الشاعرة سنية صالح بعد صراع طويل معه ومع السرطان ، ثم كانت وفاة أمه ناهدة عام 1987 بنزيف حاد في المخ. فى الثالث من ابريل سنة 2006 رحل محمد الماغوط عن عمر يناهز 72 عاماً بعد صراع امتد لأكثر من عشر سنوات مع الأدوية والأمراض عندما توقف قلبه عن الخفقان وهو يجري مكالمة هاتفية.