أحال المستشار هشام بركات النائب العام، البلاغ الذي يتهم محمد مرسي وخيرت الشاطر ومحمد الظواهري، باغتيال المقدم محمد مبروك، إلى التحقيق، حيث كلف المحامي العام الأول بالتحقيق في هذا البلاغ. وإتهم البلاغ الذي حمل رقم 16931 لسنة 2013 عرائض النائب العام، وقيد تحت رقم صادر 1779 لسنة 2013 وسط القاهرة، كلا من رئيس الجمهورية المعزول محمد مرسي وخيرت الشاطر النائب الأول لمرشد جماعة الإخوان المسلمين ومحمد الظواهري القيادى بالسلفية الجهادية بالوقوف خلف جميع العمليات الإرهابية التي وقعت في الأراضي المصرية، واغتيال الشهيد المقدم محمد مبروك، وخطف الجنود المصريين، ودعم تنظيم الإخوان بهدف إثارة الفتنة وتكدير الأمن العام. وقدم البلاغ المحامي عاصم قنديل، عضو هيئة المدعين بالحق المدني عن شهداء ثورة 25 يناير وأكد فيه، قيام النائب الأول لمرشد جماعة الإخوان خيرت الشاطر، بتكليف من الرئيس المعزول، بالاتفاق مع الجماعات المسلحة الناشطة في المنطقة الحدودية بسيناء، والكتائب المسلحة الناشطة في قطاع غزة، على استهداف قوات الأمن المصرية سواء من رجال القوات المسلحة أو الشرطة، في حالة سقوط "مرسي" أو عزله من منصب رئيس الجمهورية، بهدف نشر الفوضى والعنف في ربوع مصر. وأكد قنديل، في بلاغه، على مسئولية مرسي والشاطر والظواهري "عن عملية اغتيال شهيد الواجب المقدم محمد مبروك، الضابط بقطاع الأمن الوطني، وأنهم قاموا بالتنسيق مع القيادي بتنظيم السلفية الجهادية محمد الظواهري، شقيق زعيم تنظيم القاعدة الدكتور أيمن الظواهري، على نشر الفوضى وخطف الجنود وقتلهم". وقال قنديل إن الشاطر دعم الجماعات المسلحة ب 5 ملايين دولار لدعم تنظيم إخوان مصر "عسكرياً"، مشيرا إلى أنه التقى بتاريخ 25 يونيو 2013 شخصا يدعي رمزي موافي يعمل وسيطاً لنقل الأسلحة وأجهزة فك شفرات اللاسلكي الخاصة بضباط الشرطة في سيناء، كما قام بجولة داخل سيناء كلفه خلالها باستهداف أماكن حيوية فيها والهجوم على المرتكزات الأمنية في حالة إزاحة محمد مرسي عن السلطة في تظاهرات 30 يونيو. كما أكد البلاغ أن كل العمليات الإرهابية التي شهدت مصر منذ ثورة 30 يونيو من استهداف للشرطة المصرية، وآخرها العملية الإرهابية، التي حدثت بمدينة نصر وراح ضحيتها الشهيد محمد مبروك، تتطابق مع طريقة تنفيذ كافة العمليات التي شهدتها سيناء والمحافظات المختلفة. وطالب البلاغ في نهايتة النائب العام باتخاذ الإجراءات القانونية اللازمة تجاه مرسي والشاطر والظواهري والتحقيق في الاتهامات الموجهة إليهم من استهداف الجنود ودعم الإرهاب، وتقديمهم لمحاكمة عاجلة.