تابعت غرفة العمليات المركزية بالمجلس القومى لحقوق الإنسان، مجريات عملية الاستفتاء بمحافظات المرحلة الثانية ، ورصد مراقبو المجلس استمرار بعض الانتهاكات والمخالفات ببعض المحافظات ، من أهمها استمرار عدم فتح مقار الاقتراع ، وعدم وجود قضاة ببعض اللجان، وعدم وجود موظفين ببعض اللجان، وظهور البطاقة الدوارة فى محيط بعض اللجان . ورصدت الغرفة في تقريرها الثاني منذ بداية يوم الاستفتاء فى مرحلته الثانية وحتى الآن من خلال وسائل الإتصال المختلفة عبر مراقبى المجلس ومراقبى منظمات المجتمع المدنى "120 شكوى" تضمنت تأخر فتح مقار الاقتراع في محافظة قناوكفر الشيخ . كما رصد المجلس توجيه إرادة المصوتين حيث شهدت محافظة الفيوم باللجنة الفرعية رقم 36 ومقرها مدرسة مجمع دمو – رصد مراقبو المجلس تواجد شخص داخل اللجنة يرتدى شارة حزب الحرية والعدالة يقوم بتوجيه المصوتين للتصويت بنعم ،ومحافظة القليوبية باللجنة الفرعية رقم 58 ومقرها مدرسة طحانوب بشبين القناطر تواجد شخص داخل اللجنة دون سند من القانون يقوم بتوجيه المصوتين للتصويت "بلا" ،واللجنة الفرعية رقم 45 ومقرها مدرسة طارق بن زياد بشبرا الخيمة أول لوحظ قيام رئيس اللجنة بتوجيه المصوتين للتصويت "بلا" . وأوضح التقرير أن محافظة الأقصر داخل اللجنة الفرعية رقم 15 ومقرها مدرسة الحليله الإعدادية المشتركة بإسنا رصد مراقبون المجلس تواجد كشوف أسماء المصوتين خارج اللجان بحوزة أشخاص ينتمون لحزب الحرية والعدالة ويقومون بتوجيه المصوتين للتصويت "بنعم" . كما تم منع المصوتين من دخول اللجان في محافظة الأقصر داخل اللجنة الفرعية رقم 15 ومقرها مدرسة الحليلة الاعدادية المشتركة بإسنا – ورصد مراقبوا المجلس قيام اشخاص ينتمون لحزب الحرية والعدالة يقومون بمنع المصوتين من دخول اللجان بعد علمهم أنهم يصوتون "بلا" ، والسماح بدخول المصوتين الذين يصوتون "بنعم" . ورصد المجلس وجود البطاقة الدوارة في محافظة كفر الشيخ حيث وجد بطاقة دوارة بمحيط لجنة مدرسة الأزهر الابتدائية بمركز بيلا ، وذلك من قبل أنصار حزب الحرية والعدالة ،وارتباك إدارى في محافظة كفر الشيخ في اللجنتان رقما 45 و46 ومقرهما مدرسة العجمي الابتدائية ببيلا لوحظ تواجد أمين حزب الحرية والعدالة عن مركز بيلا ، ويدعى عبد الفتاح فرج موسى داخل اللجنة دون سند قانونى ،كما شهدت محافظة الجيزة داخل اللجنة الفرعية رقم 24 ومقرها مدرسة أمير الشعراء بالعياط يعمل رئيس اللجنة بمفرده دون وجود معاونين له باللجنة مما أدى إلى بطء شديد بعملية التصويت مع تزايد أعداد المصوتين .