بمجرد إعلان مصر إعادة فتح التحقيق فى القضية رقم 173 لسنة 2011 والمعروفة إعلاميًا بقضية التمويل الأجنبي لمنظمات المجتمع المدني والمنظمات الأهلية، والمتهم فيها عدة منظمات حقوقية , شن جون كيرى، وزير الخارجية الأمريكى، هجومًا حادا على المسئولين فى مصر فيما يتعلق بوضع حقوق الإنسان, واصفا ما يحدث من قبل الجهات المختصة ب "التجخل السافر" والاعتداء على القيم الديمقراطية، معربًا عن القلق العميق لما وصفه بالتدهور في وضع حقوق الإنسان ، بما في ذلك قرار القاهرة بإعادة فتح تحقيق بشأن المنظمات غير الحكومية المصرية. وأضاف، فى بيان أصدرته وزارة الخارجية الأمريكية، أن القرار الذي اتخذته الحكومة المصرية بالتحقيق مع المنظمات غير الحكومية التي توثق انتهاكات حقوق الإنسان يأتي في سياق أوسع لترهيب المعارضة السياسية، والصحفيين، والناشطين وآخرين، على حد قوله. وتابع "كيري":"أحث الحكومة المصرية على العمل مع الجماعات المدنية لتخفيف القيود عن حرية إنشاء الجمعيات، وإتاحة حرية التعبير، فضلا عن السماح لمنظمات حقوق الإنسان غير الحكومية الأخرى بالعمل بحرية". تصريحات "كيرى" تفضح مدى ارتباط هذه المنظمات بجهات تمويل أجنبية، وخاصة الأمريكية منها، والتى لعبت دورًا كبيرًا فى نشر الفوضى، فى مصر خلال الأعوام الماضية, والمتابع لتصريحاته يجد أنه دائم الدفاع عن جماعة الإخوان الإرهابية، حيث أعلن رفضه صراحة تصنيف الإخوان كجماعة إرهابية، تحت زعم أن الإدارة الأمريكية تُجري تقييمات مستمرة لوضع الجماعة. ويعتبر ملف حقوق الإنسان من القضايا التى تُشكل خلافًا بين مصر وأمريكا، حيث تعتقد الولاياتالمتحدة أن القاهرة لديها العديد من الانتهاكات، متمثلة في القبض على أعداد أعداد كبيرة دون محاكمات، وتوقيع عقوبات شديدة على المتهمين، فيما ترى السلطات المصرية، أن ما تفعله ليس انتهاكا، وإنما إجراءات وقائية لمكافحة الإرهاب، فضلًا عن موقف الدولتين من "الإخوان"، حيث يعتبر أيضًا من النقاط الخلافية في الحوار الاستراتيجي بين البلدين، حيث ترى أمريكا ضرورة عمل مصالحة مع الجماعة، والسماح لها بمزاولة النشاط السياسي في المجتمع، وترفض وصفها بالجماعة الإرهابية وهو الأمر الذى ترفضه القاهرة . وردًا على تصريحات "كيرى" التى تعتبر تدخلا سافرا فى الشأن الداخلى المصرى، قال سامح شكرى، وزير الخارجية:"إن هناك حوارًا دائما بين الشركاء فى الولاياتالمتحدةالأمريكية، ونحرص دائما على الاهتمام بقضايا حقوق الإنسان فى ضوء الإلتزام بالدستور، واحترامه، دون قدر من الوصاية، أو توجيه من أطراف أجنبية، وبالرغم أن لدينا قلقلًا إزاء الكثير من الأوضاع من قبل بعض الدول، ويمكننا أن نعبر عن ذلك، ولكننا نُفضل القنوات الدبلوماسية بيننا من خلال أطر محددة". ومن جانبه، رفض سليمان وهدان، وكيل مجلس النواب، تصريحات كيرى ، قائلًا:"اعتدنا منهم دائما انتقاء بعض العبارات لاستخدامها كشماعة للتدخل فى الشأن الداخلى المصرى، وهو أمر مرفوض". وأضاف "وهدان" أن البرلمان يحترم حقوق الإنسان، ولا يقبل بأى انتهاكات للحريات، فلا يوجد علينا سلطان، ولا توجيهات من أى كان، مشيرًا إلى أنه حال ورود قانون الجمعيات الأهلية إلى البرلمان سيتم دراسته داخل اللجان النوعية المختصة بذلك حيث حقوق الإنسان. وتابع حديثه: البرلمان يرحب بالجميعات الأهلية التى تنتهج النهج الصحيح، وليس التى تتخذ من حقوق الإنسان ستارًا لتنفيذ مخططات، وأجندات خارجية. وأكد النائب محمد أنور السادات، رئيس حزب الإصلاح والتنمية، أن السبيل الوحيد للرد على هذه التدخلات هو إعادة ترتيب ملف العمل الأهلى، وحقوق الإنسان فى مصر، لإيقاف أى فرصة لدول الخارج التدخل فى شئون مصر، وذلك من خلال عدة خطوات أولها إجراء الحكومة حوارًا مع كل المنظمات المصرية، لوضع الأسس، والمعايير الذى ستعمل على أساسها هذه المنظمات، وذلك وفقًا للمعايير الدولية، على أن يعقب ذلك حوار مع منظمات الخارجية لعرض هذه الأسس والوصول إلى رؤى توافقية بين الجميع.