عين الرئيس محمد مرسي الفريق عبد الفتاح السيسي قائدا عام للقوات المسلحة المصرية وزير الدفاع والإنتاج الحربي وذلك خلفا للمشير حسين طنطاوي الذي تمت إحالته للتقاعد. يذكر أن اللواء عبد الفتاح السيسي والذي تم ترقيته من لواء أركان حرب إلى رتبة فريق أول تخرج في الكلية الحربية عام 1969، عمل في سلاح المشاة، وعين قائدًا للمنطقة الشمالية العسكرية، وتولى منصب مدير إدارة المخابرات الحربية والاستطلاع . وجدير بالذكر أن الفريق السيسي هو أول من أعترف في تصريحات له أن أفراد القوات المسلحة يجرون ما يسمى بكشوف العذرية، للفتيات اللاتي تم القبض عليهن عقب ثورة 25 يناير وقال أنها مبررة، لأنها تحمي الفتيات من الاغتصاب وتحمي الجنود من الاتهام بالاغتصاب. وقد كان الفريق السيسي هو أول من صرح بأن هناك حاجة ضرورية إلي تغيير ثقافة قوات الأمن في التعامل مع المدنيين مؤكدا أن هناك تعليمات مشددة بعدم استخدام العنف ضد المتظاهرين .