حُكم عليه ورفاقه بالنفي إلى جزيرة سيلان ، ليمكث هناك 19 عامًا، ولكن حنينه إلى الوطن لم ينتهي، حتى عاد بعد العفو عنه، أنه قاد الثورة العرابية ضد الخديوي توفيق "أحمد عرابي". تحل اليوم ذكرى رحيل الزعيم أحمد عرابي، قائد الثورة العرابية، ابن محافظة الشرقية وقائد الثورة العرابية، أبرز الزعماء الوطنيين في القرن ال19.
الوقوف في وجه الخديوي توفيق طالب "عرابي" ومجموعه من زملائه الخديوى توفيق بترقية الضباط المصريين وعزل رياض باشا رئيس مجلس النظار وزيادة عدد الجيش المصري. لم يتقبل الخديوى هذه المطالب قائلاً: "كل هذه الطلبات لا حق لكم فيها، وأنا ورثت ملك هذه البلاد عن آبائي وأجدادي، وما انتم إلا عبيد إحساننا".
فرد عليه عرابي قائلاً جملته الشهيرة: "لقد خلقنا الله أحرارًا، ولم يخلقنا تراثًا أو عقارًا؛ فوالله الذي لا إله إلا هو، لا نُورَّث، ولا نُستعبَد بعد اليوم".
وبدأ الخديوي توفيق في التخطيط للقبض على عرابى وزملائه حيث اعتبرهم من المتأمرين. فتنبه عرابى للخطر وقاد المواجهة الشهيرة مع الخديوي توفيق يوم 9 سبتمبر 1881 فيما يعد أول ثورة وطنيه في تاريخ مصر الحديث .
رضوخ الخديوي ل"عرابي" رضخ توفيق لمطالب الجيش حين رأى التفاف الشعب حول عرابى، وعزل رياض باشا من رئاسة النظار، وعهد إلى محمد شريف باشا بتشكيل الوزارة وتشكلت بذلك أول نظارة شبه وطنيه في تاريخ مصر الحديث.
محاكمته تعرض للمحاكمة والنفي ومنع أبنائه من التعليم والتوظيف في الوظائف الحكومية، ما أدى إلى تشتت العائلة ،وتحولوا من ملاك أراضي إلى مجرد أجراء، فبعد دخول الإنجليز القاهرة في 14 سبتمبر 1882 ووصول الخديوي توفيق قصر عابدين في 25 سبتمبر 1882 تم عقد محاكمة لعرابي وبعض قواد الجيش في المعركة وبعض العلماء والاعيان وتم الحكم عليهم في 3 ديسمبر 1882 بالنفي إلى جزيرة سرنديب (سيلان) أو سريلانكا حاليا.
تحول منزله إلى مقر حكومي تابع لهيئة الآثار عندما نُفي عرابي إلى سيريلانكا تحول منزله في المنفى إلى متحف، وعند عودته من المنفي أحضر أحمد عرابي شجر المانجو ويعتبر أول من أدخل ثمارها إلى مصر. كانت جنازة عرابي فقيرة هزيلة، لا يكاد من يراقبها أن يصدق انها للزعيم الثائر الذي تغنى باسمه الفلاحون، والتفت حوله الأمة، وواجه الخديو توفيق في ميدان عابدين، مؤكداً ان المصريين أحرار وليسوا عبيداً .
