وجد النظام المصري نفسه في ورطة بعدما قضت الدائرة الأولى بمحكمة القضاء الإدارى بمجلس الدولة، برئاسة المستشار يحيى دكروري، نائب رئيس مجلس الدولة، في دعوى وقف تنفيذ اتفاقية ترسيم الحدود بين مصر والسعودية، ببطلان اتفاقية ترسيم الحدود بين مصر والسعودية واستمرار تبعية الجزيرتين للسيادة المصرية ورفض دفع هيئة قضايا الدولة بعدم الاختصاص. حيث أن الدولة المصرية أمام خيارين لا ثالث لهما، وهو أن تستأنف على الحكم الصادر لإثبات أن الجزيرتين ملك للسعودية، وهو ما يضعها في أزمة داخلية مجددًا بعدما سادت حالة من الغضب عقب توقيع الاتفاقية مع المملكة، قللت من رصيد رئيس الجمهورية لدى فئة عريضة من المصريين، ودفعت الآلاف من المواطنين والنشطاء إلى التظاهر رفضا للاتفاقية. والخيار الثاني هو أن تتجاهل الدولة الاستئناف على حكم القضاء الإداري منعا لحدوث أزمة داخلية وخاصة مع اقتراب احتفالات ثورة الثلاثين من يونيو، وهو ما يضعها أيضًا في أزمة مع المملكة العربية السعودية، والتي لها استثمارات بالمليارات، ودعمت القاهرة عقب الإطاحة بالرئيس المعزول محمد مرسي. وقال المحامي خالد علي - مقيم دعوى بطلان توقيع اتفاقية ترسيم الحدود بين مصر والسعودية - إن حكم محكمة القضاء الإداري، اليوم، حكمًا تاريخيًا. وأضاف - في تصريحات صحفية - أن الحكومة ممثلة في هيئة قضايا الدولة، هي الوحيدة المنوط بها الاستئناف على حكم بطلان التوقيع على اتفاقية ترسيم الحدود، أمام المحكمة الإدارية العليا. وواصل: توقيع الاتفاقية لا يشترط العرض على مجلس النواب، لوجود شروط خاصة حول طرق عرض الاتفاقيات المماثلة عليه.
