تنقسم المخازن الآثرية الخاصة بوزارة الآثار إلى خمس أقسام :"مخازن المتاحف ، مخازن فرعية يصل عددهم حوالى 200 مخزن، ومخازن متخفية تبلغ 47 مخزنا، ومخازن الجامعات، ومخازن البعثات". ويتكرر اختفاء آثار من تلك المخازن، ويتم اكتشاف معظم الوقائع صدفة، بعد وجود كسر فى الأقفال أو "فتحة" فى سقف المخزن كما حدث فى مخزن "الفنتين" بأسوان ومخزن ميت رهينة بسقارة. وبسبب غياب التسجيل الكامل للآثار والجرد المستمر نذكر، أهم تلك المخازن التى تعرضت للسرقة. -1 مخزن "الفنتين" بأسوان والذي تأكد اختفاء 96 قطعة منه بعد تشكيل لجنة لجرده بعد اكتشاف كسر بالأقفال. -2مخزن ميت رهينه بسقارة، وتم اختفاء 261 قطعة آثرية، من المخزن رقم "40" الأثرى بميت رهينة، بالإضافة إلى اختفاء الأوراق الخاصة بهذه القطع من سجلات المخازن الآثرية والتى توثق هذه القطع. 3- مخزن آثار تل الفراعين، وتم اختفاء 8 قطع آثرية من مخزن آثار تل الفراعين بكفر الشيخ وهى قطع مسجلة بقيد المنوفية. 4- متحف الفن الاسلامى، اختفاء 7 قطع آثرية من متحف الفن الإسلامي. 5- "مشكاوات متحف الحضارة الثلاثة" الذي تضاربت الأقوال حول عرضهم للبيع بمزاد علني وحتى الآن لا يعلم أحد من وجودهم بالمخازن أو لا . 6- اكتشاف تقليد تمثال أثري بمخازن البعثة الأمريكية، وتم اكتشاف الواقعة بالصدفة حيث كانت باحثة أمريكية تلقي محاضرة بإحدى جامعات لندن عن الآثار التي شاركت في اكتشافها حال وجودها ضمن بعثة أثرية أمريكية في مصر، وأثناء حديثها عن أحد التماثيل أخبرها أحد الطلاب أنه شاهد التمثال في أحد معارض الآثار ببلجيكا. ويبقى السؤال ماذا ينتظر المسئولين بوزارة الآثار ليقوموا بحصر وجرد المخازن الآثرية ؟.