يكتنف مشروع قناة البحرين، غموض خاصة من دور ومكان الجانب الفلسطيني، كما يثير مخاوف من آثار بيئية واقتصادية وأخرى سياسية، قد تلحق بالفلسطينيين في حال تنفيذ المشروع. والمشروع هو قائم على اتفاق بين الأردن وإسرائيل يقضي ببدْء تنفيذ المرحلة الأولى من مشروع ربط البحر الأحمر بالميت، وتتعالى الأصوات هنا مطالبة بتوضيح رسمي وشرح وفير حول موقع الفلسطينيين من الاتفاق الذي وصفته إسرائيل بالتاريخي والأهم منذ إطلاق عملية السلام لا سميا وأنّ القناة المزمع إنشاؤها ستمتد على طول مئتي كيلو متر تنقل المياه من البحر الأحمر للميت بحجة انقاذه بعد التراجع الكبير في مستويات مياهه بالسنوات الأخيرة، وسط مخاوف من التأثير على منسوب المياه في قناة السويس. المصادر الإسرائيلية تتحدّث عن إنشاء محطة تحلية للمياه في العقبة ستنتج ثمانين مليون متر مكعّب من المياه، خمسون مليون متر مكعب منها لإسرائيل فيما يدور الحديث عن تأمين ثلاثين مليون متر مكعّب للسلطة الفلسطينية بأسعار تفضيلية ما جعل المعارضين للمشروع يعتبرونه سرقة إسرائيلية للثروات المائية الفلسطينية بالإضافة لآثاره السياسية لأنه سيفرض واقعا جغرافيا جديدا على الحدود مع الأردن في ظل إصرار إسرائيل على عدم إعطاء الفلسطينيين أي سلطة للتواجد في منطقة شمال البحر باتجاه أريحا ناهيك عن مخاوف تتعلّق بإنشاء مستوطنات ومنشآت صناعية على طول القناة تفرض واقعا جديدا. ويقرّ البيئيون الفلسطينيون بالخطر الذي يواجه البحر الميت بفعل نضوب منسوب المياه فيه لكنهم في ذات الوقت قلقون من تأثير القناة الاصطناعية على خصائص البحر الطبيعية.