شكل المجلس القومى لحقوق الإنسان عدد من لجِان تَقصي الحقائق، حيث تتشكل المَجموعة الأولي والمعنية بفض إعتصام رابعة العدوية وما تَبعها من أحداث، من عدد من اعضاء المجلس أحمد أبو الوفا، حافظ أبو سعدة، راجية عمران .
المجموعة الثانية: أحداث مركز شرطة كرداسة وما تبعها من أحداث وتتكون اللجنة من شاهندة مقلد، جورج إسحاق، مختار نوح، كمال عباس، محمد عبد القدوس أعضاء المجلس
المجموعة الثالثة: الإعتداءات علي دور العبادة خلال أحداث الثورة وتتكون من منال الطيبي، محمد عبد القدوس، ياسر عبد العزيز .
المجموعة الرابعة :حادث سيارة الترحيلات بسجن أبو زعبل وتتكون من حافظ أبو سعدة ، راجية عمران، سمير مرقص، شاهندة مقلد، صلاح سلام .
ويُعَاون كل لجنة مجموعة من الباحثين بالأمانة العامة بالمجلس .