تلقي الدكتور أحمد الطيب عدد من الرسائل الهامة من بابا الفاتيكان فرنسيس الرابع حملها ، سفير دولة الفاتيكان الجديد بالقاهرة، منها رسالة خاصة للإمام الأكبر بتوقيع البابا. وأكد سفير الفاتيكان على احترام البابا للإسلام والمسلمين، وعلى بذل الجهد من أجل التفاهم بين المسيحيين والمسلمين في العالم، لتحقيق العدالة والسلام. وأكد الطيب على أن رسالة الأزهر الشريف الذي يمثل كل المسلمين في العالم، هي احترام أهل الأديان السماوية جميعًا، والحفاظ على الكرامة الإنسانية وعلى القيم العُليا التي أكدها القرآن الكريم والسنة النبوية والدعوة إلى ذلك بالمنهج الوسطي وبالحكمة والموعظة الحسنة، وأن الإسلام منفتح على الإنسانية كلها وأن المسلمين مستعدون للتعاون لإرساء العدالة والتقدم بين شعوب الأرض. كما لفت النظر إلى أن الحديث عن الإسلام بصورة سلبية من الغرب خط أحمر يرفضه الأزهر رفضًا قاطعًا.