أكدت عدد من المؤسسات الحقوقية فى بيان لها أن رئيس مجلس الوزراء أصدر تعليمات إدارية إلي وزارة الشئون الاجتماعية بشأن الجمعيات الأهلية وتتعلق بالتنبيه بضرورة عدم الدخول مع جهات أجنبية في مشروعات بحوث أو دراسات أو استطلاعات رأي أو جمع معلومات إلا بعد أخذ رأي الجهات الأمنية للوقوف على حقيقة تلك الجهات الأجنبية وأبعاد التعاون معها، اكدت أنه يمثل اعتيال منهجى للمؤسسات الحقوقية . وأضاف البيان أن الوزارة بدأت بتنفيذ تلك التعليمات عبر مخاطبتها للمنظمة المصرية لحقوق الإنسان في 11 فبراير 2013 والتنبيه عليها بما جاء بتعليمات السيد رئيس مجلس الوزراء.
وترى المؤسسات الحقوقية أن البرنامج العربي في تلك التعليمات سرطانا في جسد دولة القانون في مصر حيث تنتهك التعليمات القانون الخاص بالجمعيات الأهلية وتضرب به عرض الحائط وذلك من عدة نواحى أن القانون نظم عملية تلقي التمويلات والمنح الخارجية تنظيما مقيدا ومعقدا ومرهقا ويكاد يمنع تلك التمويلات إلا بإذن من وزير الشئون الاجتماعية بحسب نص المادة 17 من القانون والمواد 56 و57 و58 من لائحته التنفيذية، ومن ثم وفي حالة وجود تلك الموافقة، فإن القول بإعادة اتخاذ رأي الجهات الأمنية مرة ثانية يعد خروجا علي أحكام هذا القانون وعصفا بالحقوق الموجودة به- والمقيدة أصلا- بحسب أحكامه.
وتابع البيان: "أنه لا وجود لما يسمي بالجهات الأمنية في قانون الجمعيات رقم 84 لسنة 2002 والنص في التعليمات علي ضرورة الرجوع إلي الأمن يكون قد أتي بما ليس في القانون، وغني عن القول أن التعليمات الإدارية هي أدني مرتبة من التشريعات السارية ولا يجوز لها مخالفتها، مشيرا إلى أن هذه التعليمات جاءت تنفيذا لنص المادة 11 من مشروع القانون الجديد للجمعيات الأهلية والذي أعدته وزارة الشئون الاجتماعية مع جماعة الإخوان المسلمين حيث يجري نص المادة 11 الجديد علي نحو ما يلي"ويحظر إنشاء الجمعيات السرية. كما يحظر أن يكون من بين أغراض الجمعية أن تمارس نشاطا مما يأتى بإجراء بحوث ميدانية أو استطلاعات رأي أو مشروعات في مجال العمل الأهلي دون الحصول على موافقات الجهات المعنية، أن تكون الجهات المعنية هي المعنية هنا هي اللجنة التنسيقية وفق نص المادة 57 من ذات المشروع، وبها أعضاء من الداخلية والأمن القومي.
وتؤكد المؤسسات الحقوقية أنه من العار علينا بعد الثورة أن نتجاهل قانونا قائما ونطبق نصا من مسودة لم تناقش بعد ولم تقر، ولعل ذلك يعطي مؤشرا واضح الدلالة علي ما يراد بمنظمات المجتمع المدني من النظام الحاكم.