شهدت انتخابات الشورى بمحافظات المرحلة الثانية بعض المخالفات، إلا أن ذلك لم يؤثر بشكل قوي على سير العملية الانتخابية، لضعف الاقبال وعدم الاهتمام الاعلامي بانتخابات الشورى على نقيض انتخابات مجلس الشعب. ففي الشرقية، شهدت اللجان الانتخابية، اقبالا ضعيفا من الناخبين في اليوم الأول لانتخابات الشورى، كما تأخر فتح عدد من اللجان في وصول القضاة، مما أدى لفتحها متأخرة، فيما تأخرت بعضها لمدة نصف الساعة و لم تفتح اللجان:( 1449 – 14450 – 1451 ) بقرية الجديدة بمنيا القمح أبوابها أمام الناخبين. وفوجئ الناخبون في اللجان، بعدم وجود أرقام مسلسلة للمرشحين في أوراق الاقتراع ، سواء فى أوراق الفردي أو للأحزاب فى أوراق القائمة. وفي البحيرة ، شهدت اللجان الانتخابية في مدينة دمنهور، تخبطا كبيرا في توزيع القضاة، حيث شهدت لجنة مدرسة الحسن والحسين ،قدوم قضاة لإستيلام اللجان، ليجدوا أنفسهم ملزمين باستلام لجان في مدرسة عمر مكرم الثانوية بنين، وتكرر هذا الأمر في عدد غير محدود من اللجان ،مما أدى الى تأخير فتح باب التصويت لمدة ساعة كاملة واستخدم حزب الحرية والعدالة الاطفال في الدعاية الانتخابية. وفي النوبارية، شهدت لجان المدينة وصول جميع القضاة بجميع اللجان بالنوبارية متأخرين ، كما تأخر وصول قاضي لجنة أبوبكر الصديق ، بينما حضر كافة مسئولي اللجان من الموظفين والمندوبين وسط عزوف من الناخبين في الساعات الاولى من بدء عملية التصويت . و شهدت لجان رشيد وادكو ووادي النطرون ومركز بدر، تأخر وصول القضاه لنصف ساعة وعدم فتح اللجان وبدء التصويت إلا بعد وصولهم، كما لم تفتح لجنة 496 حتى الساعة الحادية عشرة والنصف بسبب عدم وصول مندوبي اللجان مما تسبب فى تعطل العملية الإنتخابية ورفض مستشار اللجنة إجراء عملية التصويت. وفي محافظة السويس، شهدت لجان التصويت وجود اسم قائمة "المصرى القومى" فى بطاقات التصويت رغم تقديمه تنازلا مع قائمة المحافظين التى لم يدرج اسمها لتنازلها واصبح يتنافس فعليا 7 قوائم. وعلي جانب آخر، شهدت مدرسة عمرو بن العاص اقبالا ملحوظا اكثر من اللجان الأخرى، وقام المستشار بدر السبكى رئيس اللجنة العامة لمرشحى الفردى والمستشار مجدى سلطان رئيس اللجنة العامة، لانتخابات القوائم بمعاينة مقر اللجنة العامة بالصالة المغطاة التابعة للشباب والرياضة ،والتى ستشهد تجميع نتائج فرز كل لجنة فرعية ، حيث سيقوم كل قاض عن اللجان الفرعية بالفرز بمقر لجنته، على ان يصطحب مظروفا بالشمع الاحمر مدونا به نتيجة الفرز لتقديمها فى اللجنة العامة. وفي الاقصر، تحولت المقار الانتخابية إلى معرض للدعاية الانتخابية للمرشحين ، حيث قام كل مرشح بنشر صوره ورمزه أمام المقار وعلى بعض المقار لتذكير الناخبين به، مثل مقر لجنة مدرسة الأقصر الاعدادية الثانوية للبنات في خرق للصمت الانتخابي بالدائرة . ووفي بورسعيد، أكد هيثم الشناوي أمين حزب المحافظين ببورسعيد ،أن الحزب سيتخذ إجراءاته نحو سقوط قائمته من ورقة الترشيح رغم تقدمهم بطلب تعديل مرشحين للجنة العامة والذي تم بالفعل وحصل بها على التعديل تحت رقم 392 بوضع محمد العجمي عمال على رأس القائمة إلا أنهم فوجئوا بعدم إدراجهم ضمن القائمة . ومن جانبه قال محمد العجمي مرشح القائمة إن الحزب لم يخطره بانسحابه حتى ليلة أمس، مضيفا إنه قد تحمل كافة تكاليف الدعاية الانتخابية على نفقته وانه يقوم الآن بدراسة الوضع كاملا داخل مقر لجنة الإشراف على الانتخابات ببورسعيد، بعدها يقرر تقديم بلاغ سواء ضد اللجنة العامة للانتخابات أو الحزب وقياداته الذين قاموا بإحجام الحقائق عنه لوضعه أمام مؤيديه فى تلك الموقف وإضاعة فرصة عليه لنزوله فردى . يذكر أن حزب المحافظين قد سجل انسحابه من معظم الدوائر على مستوى الجمهورية فى أعقاب انتخابات الشعب.