عاقبت محكمة جنايات القاهرة، المنعقدة بمعهد أمناء الشرطة بطرة، برئاسة المستشار شبيب الضمرانى، بالسجن المؤبد ل 6 متهمين حضوريا، والمؤبد ل 8 متهمين غيابيا والسجن المشدد 15 سنة ل 6 متهمين، والسجن المشدد 10 سنوات لمتهم، فى القضية المعروفة إعلاميا ب"اللجان النوعية". وقال القاضي في مستهل الجلسة: "يَا أَيُّهَا الَّذِينَ آَمَنُوا كُونُوا قَوَّامِينَ لِلَّهِ شُهَدَاءَ بِالْقِسْطِ وَلَا يَجْرِمَنَّكُمْ شَنَآَنُ قَوْمٍ عَلَى أَلَّا تَعْدِلُوا اعْدِلُوا هُوَ أَقْرَبُ لِلتَّقْوَى"، "إنما جزاء الذين يحاربون الله ورسوله ويسعون في الأرض فسادًا أن يقتلوا أو يصلبوا أو تقطع أيديهم وأرجلهم من خلاف أو ينفوا من الأرض"، الإسلام دين وسط يأمر بالأمر الوسط وعدم الانحراف يمينا أو يسارا، والغلو في الدين ينتج عن خلط الفكر، فالرسول ليس حاكمًا عسكريًا، أو موفدًا من السماء يجبر الناس، فقال تعالى "فذكر إنما أنت مذكر لست عليهم بمسيطر"، إن العلاقة بين الدين والدولة ليست علاقة عداء فالدين يدعو للتعايش السلمي مع الآخر، أما التطرف فيدعو لاستباحة الدماء والأموال، وإن الصراع بين الحق والباطل مستمر حتي يرث الله الأرض ومن عليها، وإن كل ما يدعو للبناء والتعمير هو الدين والإنسانية الحقيقية، والدين والدولة لا يتناقضان فهما يؤسسان ملحمة واحدة، والمتطرفون لا يفهمون الدين والدولة، فهما صحيحان وإنما الإرهاب ينشأ من التفكير غير السليم، ما أقبح من ينصب نفسه جلادًا علي الآخرين وما أحوج بلادنا إلى انتهاض روح الأمة، والدين والانتماء ومكارم الأخلاق". وأضاف أن "حب الوطن لا يتعارض مع حب الدين وهذا شيء لا يفهمه من حاولوا خطف الوطن من أبنائه حفظ الله مصر وشعبها وجيشها من الفتن ما ظهر منها وما بطن، وسيعلم الظالمون أي منقلب ينقلبون، وثبت من تحريات الأمن الوطني أن المتهمين عقدو النية على إحياء التنظيم السري للجماعة وقاموا بالعديد من محاولات اغتيال رجال الجيش والشرطة والقضاء وتخريب أبراج الضغط العالي، وتعريض حياة المواطنين للخطر من خلال تشكيل اللجان النوعية برئاسة القيادي محمود محمد ربيع، واعترف المتهمون بتحقيقات النيابة العامة تفصيلا بالجرائم التي ارتكبوها وعثر بحوزتهم على أسلحة نارية ومفرقعات وكتب وشعارات خاصة بجماعة الإخوان الإرهابية". ووجهت النيابة العامة للمتهمين عدة تهم منها حيازة أسلحة نارية، ومنشورات تحريضية، والانضمام لجماعة أسست على خلاف القانون، والتعدى على الحريات الشخصية للمواطنين، وتعطيل أحكام الدستور.