جاءت قصة نبي الله يونس -عليه السلام- أربع مرات في القرآن الكريم، وقد أرسله الله تعالى نبياً إلى قومه في مدينة «نينوى» في العراق، داعياً إياهم أن يتركوا عبادة الأصنام و يتوجهوا لعبادة الله تعالى دون أن يشركوا به أحداً، مبيناً لهم أنها لن تدفع عنهم ضراً أو تجلب لهم نفعاً. وقد أمر يونس قومه بالمعروف ونهاهم عن المنكر وحبب إليهم العدل وبغضهم الظلم وحثهم على فك العاني والأسير وإطعام الفقير والجائع، وعندما دعا يونس لم يجيبوا دعوته، وقالوا له: ما انت إلا بشر مثلنا، فأنذرهم بعد ذلك بعذاب سيحل بهم، إلا انهم لم يأبهوا بذلك ولم يخافوا من وعيده قائلين: ائتنا بما تعدنا إن كنت من الصادقين. وبعد ان يأس سيدنا يونس من إجابة دعوته وضاق بهم ذرعاً رحل عنهم مغاضباً لهم يائساً من إيمانهم و رحل عن نينوى، وبدأت بعد ذلك علامات العذاب وأماراته تطلع على قومه، فتغيرت الألوان وأظلمت السماء، فساور قومه القلق والخوف وعلموا أن العذاب قد وقع بهم كما وقع بالأمم التي سبقتهم من ثمود و عاد، فلجؤوا حينها إلى يونس باكين خاشعين متوسلين و متضرعين. فتقبل الله منهم توبتهم نظراً لإخلاصهم و صدق إيمانهم، و رفع تعالى عنهم العذاب وعادوا إلى مساكنهم من الجبال والصحارى التي استغاثوا فيها، وذلك كما قال الله تعالى: « فَلَوْلَا كَانَتْ قَرْيَةٌ آمَنَتْ فَنَفَعَهَا إِيمَانُهَا إِلَّا قَوْمَ يُونُسَ لَمَّا آمَنُوا كَشَفْنَا عَنْهُمْ عَذَابَ الْخِزْيِ فِي الْحَيَاةِ الدُّنْيَا وَمَتَّعْنَاهُمْ إِلَىٰ حِينٍ». وأما يونس -عليه السلام- فقد ركب في سفينة، وما إن ابتعد عن الشاطئ هاجت الامواج وعصفت بها الأعاصير، فأدرك الركاب أن سوء هذا المصير سببه عصيان أحدهم، فاقترعوا على إلقاء العاصي في البحر و كرروا القرعة ثلاث مرات إلى أنها أصابت يونس فألقوه في البحر و إلتقته الحوت و ابتلعه. فعلم سيدنا يونس أنه أخطأ إذ ترك قومه قبل أن يستخير ربه في الخروج ويأذن له في الهجرة، فنادى ربه في أعماق ظلمات البحر و الليل و بطن الحوت، و قد قال تعالى في كتابه العزيز واصفاً ذلك: «فَنَادَى فِي الظُّلُمَاتِ أَن لَّا إِلَهَ إِلَّا أَنتَ سُبْحَانَكَ إِنِّي كُنتُ مِنَ الظَّالِمِينَ»، فاستجاب الله له دعاءه وحفظه في بطن الحوت من الهشم او الهضم، و أوحى الله تعالى إلى الحوت في الماء إلقاءه في العراء. فألقاه الحوت على الشاطئ هزيلاً سقيماً، فكان من رحمة ربه به أن أنبت عليه شجرة من يقطين يستظل بورقها و يطعم من شجرها إلى أن عوفي و قوي لقوله تعالى: «وَأَنبَتْنَا عَلَيْهِ شَجَرَةً مِّن يَقْطِينٍ» ، ثم أمره الله بعد ذلك أن يعود إلى بلده وموطن عشيرته لأنهم قد آمنوا بالله ونبذوا الوثان والأصنام وترقبوا مجيئه إليهم و قد وصف الله ذلك في الآيات الكريمة التالية من سورة الأنبياء. قال تعالى: «وَذَا النُّونِ إِذ ذَّهَبَ مُغَاضِبًا فَظَنَّ أَن لَّن نَّقْدِرَ عَلَيْهِ فَنَادَى فِي الظُّلُمَاتِ أَن لَّا إِلَهَ إِلَّا أَنتَ سُبْحَانَكَ إِنِّي كُنتُ مِنَ الظَّالِمِينَ * فَاسْتَجَبْنَا لَهُ وَنَجَّيْنَاهُ مِنَ الْغَمِّ وَكَذَلِكَ نُنجِي الْمُؤْمِنِينَ»، آيات87، 88.
