كشفت أوراق التحقيق في أحداث الاتحادية عن أن مجموعات صغيرة محتجة تظاهرت أمام قصر الاتحادية اعتراضا على سياسة الرئيس المعزول محمد مرسي وعلى إعلانه الدستوري، فإذا بمجموعات كبرى من أنصار جماعة الإخوان انقضوا على المعتصمين وقاموا بالاشتباك معهم ويوم الخميس 6/12/2012 الساعة الواحدة ظهرا نزل المستشار إبراهيم صالح، رئيس نيابة مصر الجديدة، والمستشار مصطفى خاطر، محامى عام شرق القاهرة، لمعاينة أماكن الأحداث، لاحظا تحول منطقة مصر الجديدة الهادئة إلى خراب، وتحديدا في المنطقة المحيطة بالاتحادية. وأوضحت أنه في ذلك التوقيت أجرى المستشار طلعت عبد الله، النائب العام آنذاك، اتصالا هاتفيا بالنيابة العامة، وقال لهم إن هناك مجموعة من المتهمين مقبوض عليهم أمام إحدى بوابات قصر الاتحادية، وإن مأمور قسم شرطة مصر الجديدة رفض استلامهم، وبالفعل المأمور تحدث مع المستشار إبراهيم صالح وأخبره بأن هناك مواطنين تم ضربهم وربطهم بالحبال ومحتجزين فى إحدى بوابات قصر الاتحادية، وفى التوقيت نفسه تلقى المستشار إبراهيم صالح بلاغات بتغيب بعض المواطنين والذهاب فى الساعة الخامسة مساء إلى الاتحادية ووجد 49 شخصا مقيدين وتم التعدي عليهم، وأمر المستشار إبراهيم صالح بعرضهم على المستشفى والعرض على النيابة. وبعد أن عاد إلى مكتبه، فوجئ بضبط 92 متهما، وبذلك يصبح العدد 141 فى نفس اليوم خرج مرسى بخطابه الشهير عن الأحداث قال فيه إن المتهمين اعترفوا بأنهم كانوا يحاولون اقتحام القصر وأن تحقيقات النيابة أثبتت ذلك على خلاف الحقيقة لأنه فى ذات اليوم الثانى أخلى المستشار إبراهيم صالح، رئيس نيابة مصر الجديدة، سبيل كل المتهمين فى القضية وعددهم 141 فى اليوم التالى استدعى المستشار طلعت عبد الله، النائب العام، كلا من المستشار إبراهيم صالح ومصطفى خاطر وقام بتعنيفهما لإخلاء سبيل 141 متهما فاتجها إلى دار القضاء وقدما طلبا بنقلهما للعمل بالقضاء وتقدما بمذكرة لمجلس القضاء الأعلى رويا فيها كل ما حدث، فى اليوم الثالث حدثت مفاوضات للرجوع إلى النيابة العامة في مقابل سحب المذكرة وتم بالفعل سحب المذكرة وعادت الأمور كما كانت. وحقق المستشار إبراهيم صالح فى يوم 8/7/2013 مع مرسى فى محبسه، وجلس معه منذ الساعة 11 مساء وحتى الخامسة فجرا لمدة 6 ساعات، ولكن مرسى رفض وقال: "أنا الرئيس الشرعى للبلاد"، فقال له صالح: "أنت رئيس سابق وأنت الآن متهم وأنا مكلف بالتحقيق معك وسأتلو عليك الاتهامات"، وكان رد مرسى رد واحد: "أنا الرئيس الشرعى". وقال اللواء أحمد جمال الدين، وزير الداخلية السابق فى شهادته، إنه تلقى أوامر من مرسى بفض الاعتصام بالقوة، ولكنه رفض تلك التعليمات، وقال اللواء محمد زكى، قائد الحرس الجمهورى، إنه رفض دخول من قامت الجماعة بالقبض عليهم إلى للقصر. يذكر أن المستشار إبراهيم صالح هو الذى أخلى سبيل 141 من المتهمين فى أحداث قصر الاتحادية فى عهد مرسى، كما أنه هو الذى أخلى سبيل 652 من جماعة الإخوان فى أحداث الحرس الجمهورى.
