وقع نحو 70 راهبًا إقرارًا يطالبون فيه المجمع المقدس بعودة الأنبا ميخائيل مطران أسيوط لتولى مسئولية رئاسة الدير بعد وفاة قداسة البابا شنودة الثالث بطريرك الكرازة المرقسية. ويتفتح هذه المطالب باب الأزمات من جديد داخل دير أبو مقار بوادى النطرون، فبعد صراعات فكرية وقطيعة استمرت عشرات السنوات بين الدير ورئاسته المتمثلة فى الأب متى المسكين والبابا شنودة الثالث، وجد رهبان الدير أنفسهم أمام صراع لمحاولة السيطرة على الدير من قبل الأنبا أرميا السكرتير السابق للبابا شنودة والذى يحاول منذ وفاة البابا شنودة وطلب الرهبان من الأنبا ميخائيل العودة للاشراف على الدير السيطرة على مجريات الأمور بالدير ويساعده على ذلك عدد قليل من رهبان الدير. جاء ذلك بعد ان قام نحو 20 راهبًا بتزكية الأنبا أرميا الأسقف العام وسكرتير البابا الراحل ليكون رئيسا للدير الأمر الذي دعا الأنبا باخوميوس القائم مقام بأعمال البطريرك بتشكيل لجنة تقصي حقائق برئاسة الأنبا هدرا مطران اسوان لتجلس مع الرهبان وتستمع إلي مطالبهم ثم تذهب للتحدث مع الأنبا ميخائيل إلي أن تتم المناقشه مرة أخري بالمجمع المقدس للتوصل إلي قرار بهذا الشأن. من ناحية أخرى ، أكد مصدر كنسي بدير أبو مقار أن الرهبان اتفقوا فيما بينهم على عدم الخضوع لأى قرار او ينفذوا اي شئ إلا الذي يكون صادر بموافقة الأنبا ميخائيل ، مشيرا إلي أن الحالة الوحيدة التي لن تجعل الرهبان تقوم بذلك هي ان تكون رغبته الشخصية في الابتعاد عن رئاسة الدير. وأوضح المصدر أن هناك نحو 40 راهبًا امتنعوا عن فكرة التزكية أساسًا سواء للانبا ميخائيل أو للأنبا ارميا، مؤكدًا أن من قاموا بتزكية الانبا ارميا بناء علي وجود علاقات عمل ومصالح شخصية تربطهم به، إضافة إلى أنه قد قام برسامتهم قسوس في عهد البابا شنودة وذلك بعد أن كانوا فقدوا الأمل في ذلك. جدير بالذكر أن الأنبا ميخائيل ظل ناظرًا لأوقاف الدير على الرغم من اعتذاره عن إدارة شئون الرهبان، وبعد ذلك استلم البابا شنودة زمام الأمور بالدير وبعد وفاته ذهب مجموعة من الرهبان إلى الأنبا ميخائيل يطالبونه بالعودة للاشراف على الدير مرة أخرى وقام برسامة الاب يوحنا وكيلا له لمتابعة شئون الرهبان بالدير.
