تشهد العلاقات المصرية السودانية بعض التوترات؛ نتيجة الخلافات الحدودية، وكذلك السياسية؛ نظرا للتوجه الإسلامي لحكومة الرئيس السوداني "عمر البشير"، فالخرطوم لم تتدخل علنا في الشئون المصرية الداخلية، ولكنها تلعب في الخفاء؛ لإثارة المشكلات والقضايا ضد القاهرة. وقد علقت صحيفة "سودان تربيون" السودانية الصادرة بالإنجليزية اليوم، على حوار المرشح الرئاسي ووزير الدفاع السابق "عبد الفتاح السيسي" مع إحدى الشبكات الإخبارية، والذي أكد فيه السيادة المصرية على منطقة مثلث حلايب الحدودية مع السودان، وقالت إن الخرطوم أيضا تدعي سيادتها على هذه المنطقة. وأضاف "السيسي" في حواره أن السودان وليبيا هما عمق استراتيجي لمصر، كما أن الحكومة حريصة على علاقتها مع البلدين، موجها تحذيرا مستترا للخرطوم حول قضية حلايب. وتشير الصحيفة إلى أن الإطاحة ب"محمد مرسي" أغضبت الحكومة السودانية الإخوانية في الخرطوم، ولكنها امتنعت من التعليق على ذلك، وأكدت أن ما يحدث في مصر شأن داخلي. ارتفعت الخلافات بين القاهرةوالخرطوم، وبدأت في التدهور، بعد إعلان السودان دعمها القوي لسد النهضة الإثيوبي، حيث تخشى القاهرة من تقليل حصتها من مياه نهر النيل، بحجة الحفاظ على حقوقها المائية التاريخية بما يتماشى مع الاتفاقات الاستعمارية لعامي 1929، و1959. وتوضح الصحيفة أن المسئولين السودانيين يتهمون وسائل الإعلام المصرية بالسعي لإثارة الرأي العام ضد حكومة الخرطوم في ضوء موقفها من سد النهضة، فقد أعرب العديد من السياسيين المصريين عن غضبهم من موقف السودان، متهمينه بالخيانة والغدر، لافتة إلى أن وسائل الإعلام المصرية تتهم الخرطوم بتوفير الملجأ الآمن ودعم شخصيات بارزة في جماعة الإخوان المسلمين. ويرى بعض المعلقين أن الخرطوم تستخدم قضية سد النهضة كورقة مساومة؛ لاستعادة حلايب التي دخلت تحت السيطرة المصرية منذ فترة التسعينيات. وتضيف أن الخلاف حول حلايب يعود إلى عام 1958، بعد حصول السودان على استقلالها بعد أن كانت تحت الحكم البريطاني المصري المشترك، وبدأ الجدل مع ترسيم الحدود السياسية التي وضعها اللجان الأنجلو مصرية، وتختتم "سودان تربيون" بقولها: إن مصر تنحي جانبا أي مطالب سودانية ترغب في إحالة النزاع بين البلدين إلى التحكيم الدولي.
