شهدت شركة مصر للطيران العديد من حوادث الطيران عبر تاريخها، والتي سقط علي اثرها العديد من الضحايا. في 30 يوليو 1952 تحطمت طائرة مصر للطيران سينكاس إس إي، خلال هبوطها الإضطراري علي المدرج 36 بعدما اشتعل المحرك رقم 1 خلال رحلتها إلي الخرطوم. لم يقتل في الحادث أحد من أصل أفراد الطاقم الخمسة والركاب ال33. في 15 سبتمبر 1954 تحطمت طائرة مصر للطيران فيكرز فايكينج 1بي نوع 634 خلال هبوطها علي مدرج 32. وبعدما اكتمل ال 1000 اختبار ما قبل الرحلة أقلعت الطائرة 'توت خنع آمون' من مطار ألماظة في رحلة تجريبية لمدة 3 دقائق وخلال عملية الاقتراب الغير متناظر حطت الطائرة في الثلث الأخير من مدرج 32 ثم زيدت قوي المحرك رقم2 إلي أقصي حد مما أنتج انهيار وتحطم الطائرة. توفي في الحادث 3 من أفراد الطاقم من أصل 4. في 1 أكتوبر 1956 تحطمت طائرة مصر للطيران فيكرز فيسكاونت وهي علي أرض المطار في غارة لسلاح الجو البريطاني ضمن العدوان الثلاثي علي مصر. وفي 2 يناير 1971 سقطت طائرة من طراز كوميث 4 تابعة لمصر للطيران فوق الكثبان الرملية علي مسافة ستة كيلومترات من ممر الهبوط بمطار طرابلس العالمي في العاصمة اللليبية طرابلس مما أسفر عن مقتل جميع أفراد الطاقم المؤلف من ثمانية أفراد والركاب البالغ عددهم ثمانية. وبعد هذا الحادث بعامين ارتطمت طائرة روسية الصنع من طراز إليوشن 18 تابعة لمصر للطيران بجبل عند اقترابها من نيقوسيا عاصمة قبرص مما أسفر عن مقتل 37 شخصا. وشهد العام نفسه كارثة جوية أخري ولكن لطائرة تابعة لشركة الخطوط الجوية الليبية كانت تقوم برحلة بين طرابلس والقاهرة وعلي متنها 106 ركاب وضلت طريقها فوق الأجواء المصرية في فبراير واعترضتها الطائرات الحربية الإسرائيلية فوق شبه جزيرة سيناء التي كان يحتلها الجيش الإسرائيلي آنذاك وقامت بإسقاطها. وفي 29 يناير 1973 تحطمت طائرة إليوشن إي أل-18 تابعة للشركة بعد اصطدامها بجبل قبيل العاصمة القبرصيةنيقوسيا ومات كل من كان عليها وعددهم 37 شخصا. وفي 25 ديسمبر 1976 تحطمت طائرة بوينغ 707 تابعة للشركة عند اقترابها من مطار سوفارنابومي الدولي في العاصمة التايلاندية بانكوك مما أدي الي مصرع 73 شخصا منهم 20 كانوا علي أرض المطار. في 23 نوفمبر 1985 أختطفت طائرة مصر للطيران رحلة 648 من طراز بوينغ 737 من قبل منظمة أبو نضال، وأُجبرت علي الهبوط في مدينة لوقا في مالطا، كان عدد الخاطفين ثلاثة رجال من بينهم عمر رزاق، بعد ساعات من التفاوض المباشر بين الخاطفين وممثلي للحكومة المصرية تم اقتحام الطائرة من قبل قوات مصرية، وألقي أثناء عملية الاقتحام عدة قنابل يدوية من قبل الخاطفين 'كما أعلنت الحكومة المصرية'، وتبادل إطلاق العديد من الأعيرة النارية ما بين الطرفين، وقد لقي 58 راكب من ركاب الطائرة مصرعهم نتيجة لإلقاء القنابل المتبادل بالإضافة إلي 2 من طاقم الطائرة الست بالإضافة إلي اثنين من الخاطفين. وفي 31 أكتوبر عام 1999 تحطمت طائرة 'بوينج بي 767 – 300 ' تابعة لشركة مصر للطيران وراح ضحيتها 217 شخصًا منهم 33 ضابطا من الجيش المصري ولم ينج أحد من ركابها.، أثناء الرحلة رقم 990، حيث سقطت قبالة ساحل ماساتشوستس الأمريكي بعد نحو ساعة من إقلاعها، ولم ينج في الحادث أي من الركاب، أو طاقمها المكون من أحمد الحبشي وجميل البطوطي وعادل أنور ورءوف محيي الدين. وظهر بعد ذلك تقرير لهيئة السلامة الأمريكية الذي رفضه الجانب المصري حيث زعم التقرير أن مُساعد الطيار جميل البطوطي تعمد إسقاط الطائرة والانتحار بسبب جملة قالها وهي: 'توكلت علي الله' وهي جملة لا يقولها منتحر، وإنما يقولها إنسان يقوم بعمل صعب لا يتمم عمله إلا ب'معونة الله'، وهناك تقارير أخري تؤكد وجود شبهة جنائية حول الحادث. وكان موجز التحقيق الذي رفضته شركة مصر للطيران، لخص تقرير مجلس سلامة النقل الوطني التابع للولايات المتحدة بدعم من إدارة الطيران الاتحادية ومكتب التحقيقات الفدرالي وشركة بوينج، وخفر سواحل الولاياتالمتحدة، أن سبب الحادث نتيجة لمدخلات التحكم في الطيران لمساعد الطيار جميل البطوطي الذي تعمد إسقاط الطائرة. وفي مايو 2002 تحطمت طائرة ركاب تابعة لشركة مصر للطيران قبيل هبوطها بمطار العاصمة التونسية، مما أدي إلي مصرع 15 شخصا وجرح 49 آخرين. كما تحطمت طائرة تابعة لشركة الخطوط الجوية المصرية فلاش آير لينر، في البحر الأحمر بعد وقت قصير من إقلاعها من شرم الشيخ، وكانت تقل 135 راكبا، غالبيتهم من السياح الفرنسيين. بينما من ابرز الحوادث التي تعرضت لها طائرات اجنبية داخل الحدود المصرية، 2013 سقوط طائرة تجسس أمريكية بدون طيار علي الحدود المصرية الليبية وفي 2015 سقوط طائرة استطلاع تابعة ل 'حماس' في سيناء كما سقطت طائرة حربية بسيوة ومن ضمن الحوادث أيضا سقوط طائرة ركاب روسية بسيناء علي متنها 224 شخصاً تحطمت بعد إقلاعها ب23 دقيقة علي بعد 100 كلم من العريش بسبب عطل فني
