من أبرز القضايا التي يحاكم فيها الرئيس المعزول مرسي وعدد من قيادات الجماعة الارهابية وتنظرها المحاكم حاليا، قضية التخابر مع منظمات أجنبية، وقضية الهروب من السجن وادي النطرون، وإهانة القضاء قتل المتظاهرين وترجع تلك القضية إلي الأول من سبتمبر 2013، عندما أحالت النيابة العامة الرئيس المعزول محمد مرسي إلي محكمة الجنايات بتهم التحريض علي قتل متظاهرين، كما أحال النائب العام هشام بركات 14 مشتبها به ينتمون إلي جماعة الإخوان المسلمين إلي المحكمة في القضية ذاتها وتضمنت لائحة الاتهام القيام بأعمال عنف واشتباكات وقعت أمام قصر الرئاسة بالقاهرة في ديسمبر 2013، وأسفرت عن مقتل سبعة أشخاص قضية التخابر ووجهت النيابة العامة لعدد من قيادات جماعة الاخوان الارهابية تهم السعي والتخابر مع حركة حماس للقيام بأعمال عدائية في البلاد، والهجوم علي المنشآت الشرطية والضباط والجنود، واقتحام السجون المصرية وتخريب مبان وضمت تلك اللائحة أيضا اتهامات اقتحام أقسام الشرطة، وتخريب المباني العامة والأملاك، وقتل بعض السجناء والضباط والجنود عمدًا مع سبق الإصرار، واختطاف بعض الضباط والجنود' الهروب من اوادي النطرون وفي 21 ديسمبر 2013 أحالت النيابة العامة المعزول محمد مرسي وآخرين إلي محكمة الجنايات بتهمة الهروب من سجن وادي النطرون بعدثورة 25 يناير 2011 وتضم لائحة الاتهام في هذه القضية كلا من مرشد جماعة الإخوان المسلمين محمد بديع، ونائبه محمود عزت، ومحمد سعد الكتاتني رئيس مجلس الشعب السابق، ومحمد البلتاجي وعصام العريان وسعد الحسيني، أعضاء مكتب إرشاد جماعة الإخوان، و124 متهما آخر من قيادات الجماعة وأعضاء من 'التنظيم الدولي' للجماعة، بالإضافة إلي عناصر من حركة حماس الفلسطينية، وحزب الله اللبناني. و يوسف القرضاوي المقيم في قطر إهانة القضاء وتعد قضية إهانة القضاء هي التهم الرابعة من بين التهم االتي يحاكم فيها مرسي وقيادات الاخوان وكانت النيابة العامة قد أخطرت مرسي في 19 يناير 2014 رسميا بأمر إحالته إلي المحاكمة بتهمة إهانة القضاء، وشمل قرار الإحالة 24 متهمًا آخر، بينهم محامون وصحفيون ونشطاء سياسيون، وأشخاص ينتمون إلي جماعة الإخوان وشمل أمر إحالة المتهمين كلا من: محمد سعد الكتاتني، و عصام سلطان، والمستشار محمود الخضيري، و محمد البلتاجي، و صبحي صالح، ومحمد العمدة، وأحمد أبو بركة، والناشط علاء عبد الفتاح ومحمد منيب، وح، والدكتور محمود السقا، والدكتور عمرو حمزاوي، والإعلاميين عبد الحليم قنديل، ونور الدين عبد الحافظ، وأحمد حسن الشرقاوي، وتوفيق عكاشة، وعبد الرحمن يوسف القرضاوي، والمحامين أمير حمدي سالم، ومنتصر الزيات. وممدوح إسماعيل ق، وعاصم عبد الماجد، عضو مجلس شوري الجماعة الإسلامية، ووجدي غنيم
